检索范围:
排序: 展示方式:
Integrated analysis of gut microbiome and host immune responses in COVID-19
《医学前沿(英文)》 2022年 第16卷 第2期 页码 263-275 doi: 10.1007/s11684-022-0921-6
《医学前沿(英文)》 doi: 10.1007/s11684-023-1029-3
关键词: tumor prognosis molecular Microbiome subsets determine center analysis microbiome transcriptome data
Understanding building-occupant-microbiome interactions toward healthy built environments: A review
Shuai Li, Zhiyao Yang, Da Hu, Liu Cao, Qiang He
《环境科学与工程前沿(英文)》 2021年 第15卷 第4期 doi: 10.1007/s11783-020-1357-3
《环境科学与工程前沿(英文)》 2022年 第16卷 第5期 doi: 10.1007/s11783-022-1543-6
● Riverine microbiomes exhibited hyperlocal variation within a single transect.
关键词: Microbiome Freshwater Taxon accumulation curve Community assembly
Human microbiome and prostate cancer development: current insights into the prevention and treatment
Solmaz Ohadian Moghadam, Seyed Ali Momeni
《医学前沿(英文)》 2021年 第15卷 第1期 页码 11-32 doi: 10.1007/s11684-019-0731-7
关键词: microbiome prostate cancer prevention treatment molecular pathological epidemiology (MPE) biomarker
《环境科学与工程前沿(英文)》 2022年 第16卷 第6期 doi: 10.1007/s11783-022-1560-5
Comparative analysis of impact of human occupancy on indoor microbiomes
《环境科学与工程前沿(英文)》 2021年 第15卷 第5期 doi: 10.1007/s11783-020-1383-1
• Exposure to indoor microbiomes is a public health concern in educational facilities.
关键词: Built environment Indoor microbiome Occupant Building Sequencing
Yuqiu Han, Xiangyang Jiang, Qi Ling, Li Wu, Pin Wu, Ruiqi Tang, Xiaowei Xu, Meifang Yang, Lijiang Zhang, Weiwei Zhu, Baohong Wang, Lanjuan Li
《医学前沿(英文)》 2019年 第13卷 第4期 页码 471-481 doi: 10.1007/s11684-019-0686-8
徐健, 马波, 苏晓泉, 黄适, 徐欣, 周学东, 黄巍, Rob Knight
《工程(英文)》 2017年 第3卷 第1期 页码 66-70 doi: 10.1016/J.ENG.2017.01.020
方法学创新一直是微生物组学研究的核心驱动力。我们认为在未来五到十年,微生物组的方法学体系在研究理念与技术平台方面将发生三大变革:①从监测菌群“结构”变化向监测菌群“功能/状态”变化的变革;②从细胞“群体”分析精度向细胞“个体”分析精度的转变;③从“数据分析”向“数据科学”的跨越。在这里我们针对实现上述三大方法学变革需要克服的关键科学或技术挑战,重点介绍了部分中国微生物组分析方法学研究团队及其国际合作伙伴的最新工作进展。我们相信中国微生物组计划应把握住当前这一重要机遇,通过在微生物组分析方法学前沿开展富有雄心、远见、创意与竞争力的交叉合作研究,为国际微生物组计划贡献一系列“中国制造”的新方法、新工具和新仪器。
Yang SONG, Chen ZHU, Waseem RAZA, Dongsheng WANG, Qiwei HUANG, Shiwei GUO, Ning LING, Qirong SHEN
《农业科学与工程前沿(英文)》 2019年 第6卷 第2期 页码 206-206 doi: 10.15302/J-FASE-2018234
Intestinal Epithelial Axin1 Deficiency Protects Against Colitis via Altered Gut Microbiota
Shari Garrett,Yongguo Zhang,Yinglin Xia,Jun Sun,
《工程(英文)》 doi: 10.1016/j.eng.2023.06.007
关键词: Axin1 Bacteria Microbiome inflammation Inflammatory bowel disease Immunity Microbiome Paneth cells Akkermansia muciniphila Wnt
Lin FU, Wu XIONG, Francisco DINI-ANDREOTE, Beibei WANG, Chengyuan TAO, Yunze RUAN, Zongzhuan SHEN, Rong LI, Qirong SHEN
《农业科学与工程前沿(英文)》 2020年 第7卷 第3期 页码 307-316 doi: 10.15302/J-FASE-2020328
Harnessing disease-suppressive microbiomes constitutes a promising strategy for optimizing plant growth. However, relatively little information is available about the relationship between bulk and rhizosphere soil microbiomes. Here, the assembly of banana bulk soil and rhizosphere microbiomes was investigated in a monoculture system consisting of bio-organic (BIO) and organic management practices. Applying BIO practice in newly reclaimed fields resulted in a high-efficiency biocontrol rate, thus providing a promising strategy for pre-control of Fusarium wilt disease. The soil microbiota was further characterized by MiSeq sequencing and quantitative PCR. The results indicate that disease suppression was mediated by the structure of a suppressive rhizosphere microbiome with respect to distinct community composition, diversity and abundance. Overall microbiome suppressiveness was primarily related to a particular set of enriched bacterial taxa affiliated with s, , , , and . Finally, structural equation modeling was used to show that the changes in bulk soil bacterial community determined its induced rhizosphere bacterial community, which serves as an important and direct factor in restraining the pathogen. Collectively, this study provides an integrative approach to disentangle the biological basis of disease-suppressive microbiomes in the context of agricultural practice and soil management.
关键词: agricultural practice bulk soil disease suppression rhizosphere ecology
湿地芦苇根系微生物群落组成与环境应用 Review
王东麟, 柏耀辉, 曲久辉
《工程(英文)》 2022年 第9卷 第2期 页码 42-50 doi: 10.1016/j.eng.2021.05.016
芦苇是自然界广泛存在的湿地植物。在人工湿地中,约15.5%的种植植物是芦苇,其在废水水质净化中起到重要的作用。尽管如此,对芦苇根系微生物群落的基本组成及每一类微生物在污染物去除中的作用仍不清晰。本文总结了已有对芦苇根系微生物群落(包括细菌、古菌及真菌)在生态及生化方面的研究。基于下一代测序,对不同环境条件下的微生物群落组成进行了分析。此外,利用培养方法进一步研究了微生物群落的功能特征,如铁的固定、有机物的降解、营养元素的转化等。芦苇根系微生物群落独特的结构和功能受芦苇种类及盐度等环境因素的高度影响。基于现有对芦苇根系微生物群落的研究,我们建议在人工湿地中应用和强化合成微生物群落和铁锰氧化物基质,以提高湿地的水净化性能。
微生物组工程——极具前景的珊瑚健康改善途径 Review
李洁, 杨清松, 董俊德, Michael Sweet, 张颖, 刘聪, 张燕英, 唐小玉, 张文谦, 张偲
《工程(英文)》 2023年 第28卷 第9期 页码 105-116 doi: 10.1016/j.eng.2022.07.010
受全球气侯变化和区域环境压力的双重影响,全球珊瑚正面临生存危机。珊瑚微生物学旨在阐释珊瑚及其共生微生物的互作关系,并运用相关知识提升珊瑚健康,相关的研究近年来备受关注。本文综述了珊瑚微生物组参与维持共生体健康的作用原理,如提供营养物质、促进生长发育、抵御病原微生物、缓解环境压力等。探讨了珊瑚微生物组工程通过精准、可控的微生物组操纵以提升珊瑚在动态环境条件下的耐受力和恢复力的可行性。尽管珊瑚微生物组工程仍处于发展初期,近期的突破性进展已表明它是保护和修复珊瑚礁生态系统的有效手段。为明确未来的研究目标,本文综述了微生物组工程的基本原理,并援引其在提升人类健康和促进农业增产方面的应用,提出了珊瑚微生物组工程的发展方向。最后,我们讨论了珊瑚微生物组工程应用于珊瑚礁保护与修复所面临的挑战,并提出了相应的建议。
Tetrasphaera富集的强化生物除磷微生物组的时间动态和效能关联 Article
王慧, 王玉波, 张国庆, 赵泽, 鞠峰
《工程(英文)》 2023年 第29卷 第10期 页码 168-178 doi: 10.1016/j.eng.2022.10.016
基于16S rRNA扩增子测序技术对全球污水处理厂(WWTP)强化生物除磷(EBPR)工艺中微生物群落的研究表明Tetrasphaera是丰度最高的聚磷菌(PAOs)。然而,目前对于Tetrasphaera 如何在 EBPR 中进行选择性富集尚不清楚。本文通过“自上而下”的方法利用复合碳源和低浓度烯丙基硫脲构建了Tetrasphaera富集的EBPR微生物组,其16S序列的丰度在第 113 天可达 40%。Tetrasphaera富集的微生物组具有高的营养物去除效率,可以实现约85% 的磷(P)去除和约80%的氮(N)去除,其污泥灰分中的P回收率相较于普通污水处理厂活性污泥提高了 23.2 倍。研究表明,添加1 mg·L−1 烯丙基硫脲同时促进了 Tetrasphaera PAOs 和 Microlunatus PAOs 的增加,并且显着降低了氨氧细菌Nitrosomonas和PAOs的潜在竞争者 Brevundimonas 和 Paracoccus 的相对丰度,促进了 EBPR 微生物组的建立。16S rRNA 基因分析表明,体系中的EBPR-ASV0001与 Tetrasphaera japonica 的亲缘关系最为相近,其可能代表了一种新的PAOs。本研究为通过烯丙基硫脲促进Tetrasphaera富集的微生物组建立提供了新的认知,或可用于指导未来污水处理系统工艺的升级和优化,从而帮助实现高浓度废水的同步脱氮除磷。
标题 作者 时间 类型 操作
Microbiome subsets determine tumor prognosis and molecular characteristics of clear-cell renal cell carcinoma: a multi-center integrated analysis of microbiome, metabolome, and transcriptome data
期刊论文
Understanding building-occupant-microbiome interactions toward healthy built environments: A review
Shuai Li, Zhiyao Yang, Da Hu, Liu Cao, Qiang He
期刊论文
Meter-scale variation within a single transect demands attention to taxon accumulation curves in riverine microbiome
期刊论文
Human microbiome and prostate cancer development: current insights into the prevention and treatment
Solmaz Ohadian Moghadam, Seyed Ali Momeni
期刊论文
Meter-scale variation within a single transect demands attention to taxon accumulation curves in riverine microbiome
期刊论文
Antibiotics-mediated intestinal microbiome perturbation aggravates tacrolimus-induced glucose disorders
Yuqiu Han, Xiangyang Jiang, Qi Ling, Li Wu, Pin Wu, Ruiqi Tang, Xiaowei Xu, Meifang Yang, Lijiang Zhang, Weiwei Zhu, Baohong Wang, Lanjuan Li
期刊论文
Coupling of the chemical niche and microbiome in the rhizosphere: implications from watermelon grafting
Yang SONG, Chen ZHU, Waseem RAZA, Dongsheng WANG, Qiwei HUANG, Shiwei GUO, Ning LING, Qirong SHEN
期刊论文
Intestinal Epithelial Axin1 Deficiency Protects Against Colitis via Altered Gut Microbiota
Shari Garrett,Yongguo Zhang,Yinglin Xia,Jun Sun,
期刊论文
Changes in bulk soil affect the disease-suppressive rhizosphere microbiome against Fusarium wilt disease
Lin FU, Wu XIONG, Francisco DINI-ANDREOTE, Beibei WANG, Chengyuan TAO, Yunze RUAN, Zongzhuan SHEN, Rong LI, Qirong SHEN
期刊论文