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2009 7

2008 3

2007 6

2006 10

2005 13

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关键词

钱学森 11

人工智能 6

系统科学 5

2020 4

代谢组学 4

仿生学 4

信息学 4

医学 4

自然语言处理 4

计算语言学 4

可拓学 3

大数据 3

数据挖掘 3

2型糖尿病 2

ACL年会 2

G蛋白偶联受体 2

X射线 2

中国 2

中药 2

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作物表型组大数据技术及装备发展研究

温维亮,郭新宇 ,张颖,顾生浩,赵春江

《中国工程科学》 2023年 第25卷 第4期   页码 227-238 doi: 10.15302/J-SSCAE-2023.04.015

摘要:

随着高通量检测技术的快速发展,作物生物数据朝着多组、多维度的层面快速积累。多组信息的系统整合将进一步加速作物遗传研究、改良作物的优异农艺性状。2020年,华中农业大学成功整合了来自同一玉米群体的基因组、转录组、表型组、代谢组、表观基因组、遗传变异、遗传定位结果等多组数据,构建了玉米定制化多组数据库(ZEAMAP)[多组学分析

随着高通量测序技术的发展与完善,单组研究日趋成熟,而整合多组数据研究植物生长发育的工作方兴未艾。多组研究在作物重要基因挖掘、全基因组关联分析、基因表达调控网络构建、作物全基因组选择、系统生物研究等方面发挥着日益重要的作用。数字育种

多组的智能设计育种是新一代育种核心技术。

关键词: 作物表型组;表型大数据;表型技术及装备;多组    

促进肝癌致癌活性和细胞代谢的新型介质——miR-516a-3p

芮韬, 张优, 冯时, 黄海涛, 詹少伟, 谢海洋, 周琳, 郑树森, 凌琪

《工程(英文)》 2022年 第16卷 第9期   页码 162-175 doi: 10.1016/j.eng.2021.07.020

摘要: 此外,为探索miR-516a-3p 致癌的潜在机制,本研究进行了全面的转录组、蛋白质组和代谢组学分析。多组DIABLO分析显示,蛋白质组和代谢组数据之间具有密切的相关性和较强的聚类一致性。综合多组和共富集途径分析表明,miR-516a-3p 可以调节肝癌细胞的代谢途径,特别是嘌呤代谢和嘧啶代谢。

关键词: 肝细胞肝癌     miRNA簇     外泌体     多组    

人工智能加速GPCR配体的发现 Review

陈伟, 宋驰, 冷梁, 张三印, 陈士林

《工程(英文)》 2024年 第32卷 第1期   页码 19-29 doi: 10.1016/j.eng.2023.09.011

摘要: 本文从数据资源、数据描述、模型设计等方面介绍了如何利用人工智能方法构建GPCR配体发现模型,并分析了人工智能方法在GPCR药物领域的应用;提出了一种基于人工智能方法整合多组数据的GPCR配体筛选策略;

关键词: G蛋白偶联受体     配体     人工智能     多组     药物发现    

时间序列多组整合分析揭示原代肝细胞体外培养去分化过程伴随非降解性泛素化修饰的增加 Article

姜正一, 孙泽宇, 欧阳晓希, 赵亚磊, 周梦豪, 王保红, 李启睿, 范林骁, 张赛男, 李兰娟

《工程(英文)》 2020年 第6卷 第11期   页码 1302-1314 doi: 10.1016/j.eng.2020.02.011

摘要: 我们的数据包含了原代肝细胞体外培养去分化过程中详细的多组学分析结果,包括2196个蛋白质、2056个泛素化修饰位点和4932个磷酸化修饰位点。

关键词: 去分化     原代肝细胞     翻译后修饰     泛素化蛋白质组     磷酸化蛋白质组     转录组    

10x Genomics单细胞转录组测序及多组数据挖掘技术

会议日期: 2019年08月02日

会议地点: 北京海淀区

主办单位: 北京市计算中心

多组导向的链霉菌1647产生的奥米克欣的发现——一组抗甲型流感病毒和冠状病毒HCoV-229E的活性类四肽化合物 Article

孙红敏, 李星星, 陈明华, 钟鸣, 李怡华, 王琨, 杜郁, 甄心, 高荣梅, 巫晔翔, 侍媛媛, 余利岩, 车永胜, 李玉环, 蒋建东, 洪斌, 司书毅

《工程(英文)》 2022年 第16卷 第9期   页码 176-186 doi: 10.1016/j.eng.2021.05.010

摘要: 本研究综合利用多组研究策略,从这株链霉菌中成功分离得到抗病毒活性成分。综上,通过综合利用多组技术与数据分析,从链霉菌1647 发酵产物中发现了一组新型的具有抗病毒活性的类四肽化合物,说明微生物次级代谢产物是新型抗病毒抗生素的宝贵资源。

关键词: 多组     抗甲型流感病毒     抗冠状病毒     链霉菌1647     类四肽化合物    

多组学联用揭示花粉过敏基于肠道菌的新机制 Article

韩珮, 李丽莎, 王子熹, 锡琳, 于航, 丛林, 张正威, 符洁, 彭冉, 潘利斌, 马殊荣, 王艳, 王洪田, 王向东, 王琰, 孙劲旅, 蒋建东

《工程(英文)》 2022年 第15卷 第8期   页码 115-125 doi: 10.1016/j.eng.2021.03.013

摘要: 由于过敏性疾病与肠道菌群失调相关,本研究从宿主与微生物的分子层面,结合代谢组和微生物组,寻找可能的机制。

关键词: 代谢组     肠道菌群     花粉过敏     过敏性疾病     肠道屏障功能紊乱    

代谢组扩展生物的“旁中心法则”——对理解基因组-糖组-代谢组-表观基因组互作的意义

Albert Stuart Reece

《工程(英文)》 2023年 第26卷 第7期   页码 16-16 doi: 10.1016/j.eng.2022.07.011

摘要:

The central dogma of biology holds that the transcription of DNA into RNA and the translation of RNA into proteins forms the primary axis of biological activity [1]. Following major advances in the description of the complex glycan and lipid chains that are added onto these basic building blocks, the glycome and lipidome have recently been added to this doctrine as an exciting new extension named the ‘‘paracentral dogma” [2]. However, it has been pointed out that biological systems can include many layers, which are described in modern omics technology platforms relating to both cell-intrinsic and cell-extrinsic layers of control, including metabolomic, microbiomic, immunological, epigenomic, epitranscriptomic, proteomic and phosphoproteomic layers [3].

It is well known that stem and progenitor cells have a metabolism that is based on glycolysis and glutaminolysis [4]. Although this provides less energy to the cell than oxidative phosphorylation, it suffices for these cells’ needs, since such cells are generally relatively quiescent and normally suppress energy-intensive processes such as genome duplication and transcription. Moreover, it has been shown that the high intracellular lactate levels involved in such states not only inhibits the key gatekeeper enzymes of oxidative phosphorylation (i.e., pyruvate dehydrogenase and carnitine palmitoyl acyltransferase) but also actually covalently modifies them by lactylation in order to maintain this inhibited metabolic–epigenomic state [5]. In addition, intermediate metabolism and nutrients are the source of the very extensive library of post-translational modifications to DNA, RNA, and proteins, as well as supplying cellular energy for many of the required reactions. Hence, the metabolic state locks in and reinforces the epigenomic state, and the metabolome and epigenome thereby play mutually reinforcing roles. This self-reinforcing coordination explains why it is so difficult to generate induced pluripotent cells and is a contributory explanation for why the described protocols typically have such low cellular yields. 

These concepts become even more important when it is considered that cancer cells are de-differentiated, similarly rely on glycolysis and glutaminolysis, and are similarly metabolically–epigenomically–genomically synchronized. The disruption of this metabolic system is a key focus of mechanistic cancer research.

These important considerations imply that the descriptive and predictive power of the newly described ‘‘paracentral dogma” of biology may be usefully and meaningfully extended by including the metabolome, along with the genome, transcriptome, proteome, glycome, and lipidome, to describe cell-intrinsic regulation—not only in terms of another omics analytical layer but also as a fully predictive and interactive partner in the symphonic-like multilayer coordination that evidently comprises cellular regulatory layering.

新孢子虫病——分子流行病及发病机制综述 Review

Asis Khan, Jahangheer S. Shaik, Patricia Sikorski, Jitender P. Dubey, Michael E. Grigg

《工程(英文)》 2020年 第6卷 第1期   页码 10-19 doi: 10.1016/j.eng.2019.02.010

摘要: 虽然分子流行病研究尚处于起步阶段,但核糖体小亚单位RNA(small subunit ribosomal RNA, ssuRNA)和犬新孢子虫物种特异性DNA探针(pNc5)中的18S rRNA和ITS1因此,需要基于全世界多个虫株的全基因组序列进行详细的群体基因组研究,以便更好地了解新孢子虫目前的种群遗传结构,最终
确定能够更有效对抗牛新孢子虫病的疫苗候选者。本文的目的是概述我们目前对新孢子虫的分子流行病和基因组的理解,并将其与密切相关的顶复门寄生虫哈蒙球虫和弓形虫结合起来。

关键词: 新孢子虫病,分子流行病,群体遗传,基因组,宿主反应,疫苗    

工业5.0——仿生和合成生物的关联及内涵 Artical

Peter Sachsenmeier

《工程(英文)》 2016年 第2卷 第2期   页码 225-229 doi: 10.1016/J.ENG.2016.02.015

摘要:

仿生(模仿生物特殊本领的学科) 以及合成生物,将和过去50年的硅芯片一样与工程开发、工业发展产生紧密联系。化学工业已经将白色生物技术应用于新工艺、新材料和资源的可持续利用中。合成生物也已经应用到第二代生物燃料的发展中,并利用特制的微生物或生物制催化剂获取太阳能。而仿生在制药、处理工程以及DNA存储领域的市场潜力是巨大的。这些研究将给生物带来新思考。生物工程将和今天的数字化技术一样驱动创新。本文讨论了生物工程,特别是碳基生物燃料的应用和细胞饰变的技术与风险。大数据、分析和海量存储将是未来的发展方向。虽然合成生物在未来50年将和当今的数字化一样普遍且具有革新能力,但是目前它的应用和影响力还处在初级阶段。本文采用了将生物工程发展分为五个阶段(DNA分析、生物回路、最小基因组、原始细胞、异源生物)的普遍分类方法,阐述了其对安全与保障、工业发展以及生物工程和生物技术作为跨学科领域发展的影响,同时讨论了伦理问题及公众对仿生和合成生物结果的公众讨论的重要性

关键词: 仿生     合成生物     生物工程     生物传感器     生物燃料     生物武器     虚拟进化     原始细胞     异种细胞     经济意义     工业5.0     德国     中国    

人类蛋白质N-糖基化的十二年全基因组关联研究 Review

Anna Timoshchuk, Sodbo Sharapov, Yurii S. Aulchenko

《工程(英文)》 2023年 第26卷 第7期   页码 17-31 doi: 10.1016/j.eng.2023.03.013

摘要:

Most human-secreted and membrane-bound proteins have covalently attached oligosaccharide chains, or glycans. Glycosylation influences the physical and chemical properties of proteins, as well as their biological functions. Unsurprisingly, alterations in protein glycosylation have been implicated in a growing number of human diseases, and glycans are increasingly being considered as potential therapeutic targets, an essential part of therapeutics, and biomarkers. Although glycosylation pathways are biochemically well-studied, little is known about the networks of genes that guide the cell- and tissue-specific regulation of these biochemical reactions in humans in vivo. The lack of a detailed understanding of the mechanisms regulating glycome variation and linking the glycome to human health and disease is slowing progress in clinical applications of human glycobiology. Two of the tools that can provide much sought-after knowledge of human in vivo glycobiology are human genetics and genomics, which offer a powerful data-driven agnostic approach for dissecting the biology of complex traits. This review summarizes the current state of human populational glycogenomics. In Section 1, we provide a brief overview of the N-glycan's structural organization, and in Section 2, we give a description of the major blood plasma glycoproteins. Next, in Section 3, we summarize, systemize, and generalize the results from current N-glycosylation genome-wide association studies (GWASs) that provide novel knowledge of the genetic regulation of the populational variation of glycosylation. Until now, such studies have been limited to an analysis of the human blood plasma N-glycome and the N-glycosylation of immunoglobulin G and transferrin. While these three glycomes make up a rather limited set compared with the enormous multitude of glycomes of different tissues and glycoproteins, the study of these three does allow for powerful analysis and generalization. Finally, in Section 4, we turn to genes in the established loci, paying particular attention to genes with strong support in Section 5. At the end of the review, in Sections 6 and 7, we describe special cases of interest in light of new discoveries, focusing on possible mechanisms of action and biological targets of genetic variation that have been implicated in human protein N-glycosylation.

关键词: 糖组     聚糖     N-糖基化     基因组     遗传     全基因组关联研究    

钱学森与系统科学

苗东升

《中国工程科学》 2001年 第3卷 第8期   页码 1-6

摘要:

简要考察了钱学森在系统科学体系、系统工程、控制论、运筹和系统方面的主要贡献,论证了他作为中国系统科学导师的地位。

关键词: 钱学森     系统科学     系统    

矿山安全减灾系统科学——矿山灾害

周利华

《中国工程科学》 2003年 第5卷 第7期   页码 90-94

摘要:

矿山灾害是一门综合性强并需不断扩充的矿山安全减灾科学。它与以往单一矿山灾害防治理论研究相比,具有综合性、预测性和经济性三大特征;它的安全减灾原理包含了安全哲学、安全经济等八大原理;它的研究模型体现了宏观与微观相统一的原则。因此,矿山灾害的研究,应以科学的系统论思想为指导,采用逻辑与历史相统一法,既要从微观上研究矿山灾害中单一灾种事故的防治技术和方法,又要在宏观上从不同学科、不同层次、不同的方位切入,对矿山灾害进行系统的研究

关键词: 矿山灾害     矿山安全     矿山灾害    

知行引论——信息 知识 智能的统一理论

钟义信

《中国工程科学》 2004年 第6卷 第6期   页码 1-8

摘要: 近代科学揭示了物质和能量两类资源的性质和转换规律,创造和不断改进了人力工具和动力工具,创造了辉煌的工业时代文明:文章试图总结信息资源的性质及其转换规律,阐明信息—知识—智能的统一理论,构建知行

关键词: 信息论     知识论     智能论     知行    

标题 作者 时间 类型 操作

作物表型组大数据技术及装备发展研究

温维亮,郭新宇 ,张颖,顾生浩,赵春江

期刊论文

促进肝癌致癌活性和细胞代谢的新型介质——miR-516a-3p

芮韬, 张优, 冯时, 黄海涛, 詹少伟, 谢海洋, 周琳, 郑树森, 凌琪

期刊论文

人工智能加速GPCR配体的发现

陈伟, 宋驰, 冷梁, 张三印, 陈士林

期刊论文

时间序列多组整合分析揭示原代肝细胞体外培养去分化过程伴随非降解性泛素化修饰的增加

姜正一, 孙泽宇, 欧阳晓希, 赵亚磊, 周梦豪, 王保红, 李启睿, 范林骁, 张赛男, 李兰娟

期刊论文

10x Genomics单细胞转录组测序及多组数据挖掘技术

2019年08月02日

会议信息

多组导向的链霉菌1647产生的奥米克欣的发现——一组抗甲型流感病毒和冠状病毒HCoV-229E的活性类四肽化合物

孙红敏, 李星星, 陈明华, 钟鸣, 李怡华, 王琨, 杜郁, 甄心, 高荣梅, 巫晔翔, 侍媛媛, 余利岩, 车永胜, 李玉环, 蒋建东, 洪斌, 司书毅

期刊论文

多组学联用揭示花粉过敏基于肠道菌的新机制

韩珮, 李丽莎, 王子熹, 锡琳, 于航, 丛林, 张正威, 符洁, 彭冉, 潘利斌, 马殊荣, 王艳, 王洪田, 王向东, 王琰, 孙劲旅, 蒋建东

期刊论文

代谢组扩展生物的“旁中心法则”——对理解基因组-糖组-代谢组-表观基因组互作的意义

Albert Stuart Reece

期刊论文

新孢子虫病——分子流行病及发病机制综述

Asis Khan, Jahangheer S. Shaik, Patricia Sikorski, Jitender P. Dubey, Michael E. Grigg

期刊论文

工业5.0——仿生和合成生物的关联及内涵

Peter Sachsenmeier

期刊论文

人类蛋白质N-糖基化的十二年全基因组关联研究

Anna Timoshchuk, Sodbo Sharapov, Yurii S. Aulchenko

期刊论文

钱学森与系统科学

苗东升

期刊论文

矿山安全减灾系统科学——矿山灾害

周利华

期刊论文

知行引论——信息 知识 智能的统一理论

钟义信

期刊论文

庚:塑料残膜污染治理技术新发展(2019年5月6日)

庚(院士)

2021年01月27日

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