检索范围:
排序: 展示方式:
《环境科学与工程前沿(英文)》 2022年 第16卷 第10期 doi: 10.1007/s11783-022-1562-3
● 548 representative nor genes were collected to create complete phylogenetic trees.
关键词: N2O Greenhouse gas NO reductase NO dismutase Primer Crystal structure
Design and use of group-specific primers and probes for real-time quantitative PCR
Juntaek LIM, Seung Gu SHIN, Seungyong LEE, Seokhwan HWANG
《环境科学与工程前沿(英文)》 2011年 第5卷 第1期 页码 28-39 doi: 10.1007/s11783-011-0302-x
关键词: absolute quantification design guideline primer probe real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR)
检测GI和GII族人源诺如病毒双重RT-qPCR的优化设计 Article
刘丹蕾, 张子蕾, 吴清平, 田鹏, 耿浩然, 徐婷, 王大鹏
《工程(英文)》 2020年 第6卷 第4期 页码 442-448 doi: 10.1016/j.eng.2019.08.018
人源诺如病毒(human norovirus, HuNoV)是重要的食源性病毒之一,能够引起全世界范围人类的非细菌性急性胃肠炎。由于HuNoV的体外培养体系尚不成熟,无法用于常规的病毒分离和检测,因此目前对HuNoV的检测依赖于分子方法,如逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase
chain reaction, RT-PCR)和逆转录实时定量聚合酶链反应(reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction, RT-qPCR)。21世纪初期设计的引物和探针依然被广泛地用于RTqPCR检测体系。HuNoV基因组具有变异度高的特点,导致设计的引物和(或)探针无法有效地与已进化的新病毒核酸进行匹配,从而随着时间的推移效率降低。为了提高HuNoV检出效率,本研究基于2010年后GenBank公布的病毒序列,分析设计了一套HuNoV检测引物和探针,并优化了一种新的双重RT-qPCR(new duplex RT-qPCR, ND-RT-qPCR)检测体系。以体外转录获得的长链病毒RNA为模板,ND-RT-qPCR可对低至一个基因组的GI和GII族HuNoV进行有效检测。以23份HuNoV临床样本为对象,评估了ND-RT-qPCR和常用RT-qPCR(Kageyama RT-qPCR)的检测性能。结果显示:ND-RT-qPCR检出所有GI族样本(5/5),而Kageyama RT-qPCR只检出两个样本(2/5)。ND-RT-qPCR检出18个GII族样本(18/18),而Kageyama RT-qPCR漏检1个样本。另外,ND-RTqPCR的灵敏度显著高于Kageyama RT-qPCR(前者Cq值低于后者Cq值)。因此,ND-RT-qPCR有助于提高HuNoV检出率,是目前该病毒检测良好的选择。
标题 作者 时间 类型 操作
Phylogenetic diversity of NO reductases, new tools for monitoring, and insights into NO production in natural and engineered environments
期刊论文
Design and use of group-specific primers and probes for real-time quantitative PCR
Juntaek LIM, Seung Gu SHIN, Seungyong LEE, Seokhwan HWANG
期刊论文