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发生于胃和结直肠的印戒细胞癌的临床特征以及不同部位的转移对预后的预测价值的研究 Article
吴静静, 方戴琼, 满达, 吴文瑞, 王清, 李雅婷, 叶建中, 李兰娟
《工程(英文)》 2020年 第6卷 第9期 页码 1028-1034 doi: 10.1016/j.eng.2020.06.007
印戒细胞癌是胃、结直肠肿瘤中恶性程度最高的病理类型之一。本研究分析了印戒细胞癌的转移特性及其对肿瘤特异性生存率的影响。这项研究纳入了4055例在2010—2012年被诊断为胃印戒细胞癌(signet ring cell carcinoma, SRCC)、结直肠印戒细胞癌患者,其中胃印戒细胞癌2905例,结肠印戒细胞癌和直肠印戒细胞癌所有临床数据来源于癌症监测、流行病学、最终结果登记资料数据库(SEER)。我们通过卡方检验分析在确诊时伴有远处转移的患者及无远处转移的患者的临床特征。而在患有结肠或直肠的印戒细胞癌患者中,肝脏是其最常见的转移部位,而在确诊时出现远处淋巴结转移的患者的拥有最高的死亡率。总之,出现远处转移常常是预后较差的标志之一,我们的研究结果为印戒细胞癌患者的临床随访、预后分析提供一定的建议。
转移性结直肠癌治疗模式随时间的变化趋势以及其与患者生存期的关系——一项基于智能大数据平台的回顾性队列研究 Article
王梓贤, 姚逸尘, 麦宗炯, 林武豪, 黄酉生, 金颖, 骆卉妍, 张东生, 王风华, 王峰, 陈功, 丁培荣, 元云飞, 李宇红, 黄金华, 潘志忠, 徐瑞华
《工程(英文)》 2021年 第7卷 第4期 页码 526-533 doi: 10.1016/j.eng.2020.10.017
目前,尤其是在国内,仍缺乏大规模的、高质量的转移性结直肠癌(metastatic colorectal cancer, mCRC)真实世界数据。目前尚不清楚在真实世界临床实践中提高mCRC患者的治疗质量能否为我国mCRC患者带来生存获益。基于智能大数据平台,我们建立了一个大样本的mCRC回顾性队列。我们分析了全身性治疗及局部治疗手段[包括肝转移、肺转移或肝外和(或)肺外转移灶的手术切除、射频消融以及立体定向放疗]随年份的变化趋势,以及分析了这些改变是否可改善患者的总生存期(overall survival综上,本队列研究表明mCRC全身性治疗及局部治疗的使用率的提高可以为患者带来生存获益。
赵浏阳, 张翔, 左涛, 于君
《工程(英文)》 2017年 第3卷 第1期 页码 90-97 doi: 10.1016/J.ENG.2017.01.012
结直肠癌是由遗传突变、表观遗传改变、慢性炎症、饮食和生活方式等多因素引起的多阶段疾病。最新研究表明,肠道菌群是结直肠癌发展过程中的重要参与者。肠道菌群稳态的失调,可通过诱发炎症、调控宿主防御、氧化应激和改变细菌代谢产物等机制促进结直肠癌的发生发展。值得注意的是,肠道横、纵截面上不同解剖部位的驻留菌群有所不同。由于结肠共生细菌的易位与结直肠癌的发展密切相关,结直肠癌相关细菌可有望成为用于结直肠癌诊断的非侵入且准确性高的新型生物标志物。本文旨在总结和概述肠道不同解剖部位中的肠道菌群在结直肠癌发生发展中的作用。
结直肠癌、基质和正常结肠黏膜显微解剖区域N-糖组的显著多样性 Article
Di Wang, Katarina Madunić , Tao Zhang, Guinevere S.M. Lageveen-Kammeijer, Manfred Wuhrer
《工程(英文)》 2023年 第26卷 第7期 页码 32-43 doi: 10.1016/j.eng.2022.08.016
Aberrant glycosylation is considered to be a hallmark of colorectal cancer (CRC), as demonstrated by various studies. While the N-glycosylation of cell lines and serum has been widely examined, the analysis of cancer-associated N-glycans from tissues has been hampered by the heterogeneity of tumors and the complexity of N-glycan structures. To overcome these obstacles, we present a study using laser capture microdissection that makes it possible to largely deconvolute distinct N-glycomic signatures originating from different regions of heterogeneous tissues including cancerous, stromal, and healthy mucosa cells. N-glycan alditols were analyzed by means of porous graphitized carbon liquid chromatography-electrospray ionization tandem mass spectrometry, enabling the differentiation and structural characterization of isomeric species. In total, 116 N-glycans were identified that showed profound differences in expression among cancer, stroma, and normal mucosa. In comparison with healthy mucosa, the cancer cells showed an increase in α2-6 sialylation and monoantennary N-glycans, as well as a decrease in bisected N-glycans. Moreover, specific sialylated and (sialyl-)LewisA/X antigen-carrying N-glycans were exclusively expressed in cancers. In comparison with cancer, the stroma showed lower levels of oligomannosidic and monoantennary N-glycans, LewisA/X epitopes, and sulfation, as well as increased expression of (core-)fucosylation and α2-3 sialylation. Our study reveals the distinct N-glycomic profiles of different cell types in CRC tumor and control tissues, proving the necessity of their separate analysis for the discovery of cancer-associated glycans.
关键词: 结直肠癌 肿瘤 多孔石墨化碳液相色谱-质谱 N-糖组 抗体反应
结直肠癌黏膜组织来源的大肠杆菌菌株间遗传和功能差异研究 Article
常宇骁, 李享, 丁磊, 杨超, 潘志远, 韩妮, 崔玉军, 智发朝, 杨瑞馥, 高宏,毕玉晶
《工程(英文)》 2022年 第16卷 第9期 页码 210-219 doi: 10.1016/j.eng.2021.03.028
结直肠癌是全球第三大癌症。宏基因组学已被广泛用于基于细菌属或种水平的比较来分析肠道微生物群与结直肠癌之间的关系,为结直肠癌发展中的生态失调提供了证据。然而,这种分析并不能为我们提供菌株水平的信息,进而理解一种细菌在结直肠癌发生发展中菌株水平的作用。本文利用培养组学方法分离结直肠癌黏膜样本,并选择了158株大肠杆菌,通过系统发育分析和炎症诱导实验,揭示它们在基因组学和功能上的差异。基因组比较可以将这些菌株分为5个系统群。选择代表性菌株进行THP-1细胞(人白血病单核细胞)Transwell实验以及动物实验,结果显示不同菌株经刺激后,细胞因子水平有显著性差异。
从结直肠癌细胞和组织样本释放的外泌体中检测肿瘤相关抗原自身抗体的多路生物传感诊断平台展示了对结直肠癌的高诊断能力 Article
Ana Montero-Calle, Itziar Aranguren-Abeigon, María Garranzo-Asensio, Carmen Poves, María Jesús Fernández-Aceñero, Javier Martínez-Useros, Rodrigo Sanz, Jana Dziaková, Javier Rodriguez-Cobos, Guillermo Solís-Fernández, Eloy Povedano, Maria Gamella, Rebeca Magnolia Torrente-Rodríguez, Miren Alonso-Navarro, Vivian de los Ríos, J. Ignacio Casal, Gemma Domínguez, Ana Guzman-Aranguez, Alberto Peláez-García, José Manuel Pingarrón, Susana Campuzano, Rodrigo Barderas
《工程(英文)》 2021年 第7卷 第10期 页码 1393-1412 doi: 10.1016/j.eng.2021.04.026
荆一楠 ,张寒冰,李智鑫 ,王晓阳 ,吴杰,柴洪峰
《中国工程科学》 2022年 第24卷 第4期 页码 121-132 doi: 10.15302/J-SSCAE-2022.04.014
为提高分析效率和决策效果,一般通过建立数据仓库等方式来支持对大规模数据进行复杂的分析处理,因此OLAP数据库更关注复杂查询和聚集分析,侧重决策支持。本文选取了4类较为典型的NoSQL数据库测试基准进行分析介绍。
大数据存储技术综述 Review
Aisha SIDDIQA, Ahmad KARIM, Abdullah GANI
《信息与电子工程前沿(英文)》 2017年 第18卷 第8期 页码 1040-1070 doi: 10.1631/FITEE.1500441
基于r-子团最小覆盖的图结构数据高效关键字搜索 Article
Asieh GHANBARPOUR, Khashayar NIKNAFS, Hassan NADERI
《信息与电子工程前沿(英文)》 2020年 第21卷 第3期 页码 448-464 doi: 10.1631/FITEE.1800133
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化 Article
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
《工程(英文)》 2023年 第27卷 第8期 页码 234-241 doi: 10.1016/j.eng.2022.10.011
Antibiotic resistance, which is encoded by antibiotic-resistance genes (ARGs), has proliferated to become a growing threat to public health around the world. With technical advances, especially in the popularization of metagenomic sequencing, scientists have gained the ability to decipher the profiles of ARGs in diverse samples with high accuracy at an accelerated speed. To analyze thousands of ARGs in a highthroughput way, standardized and integrated pipelines are needed. The new version (v3.0) of the widely used ARGs online analysis pipeline (ARGs-OAP) has made significant improvements to both the reference database—the structured ARGs (SARG) database—and the integrated analysis pipeline. SARG has been enhanced with sequence curation to improve annotation reliability, incorporate emerging resistance genotypes, and determine rigorous mechanism classification. The database has been further organized and visualized online in the format of a tree-like structure with a dictionary. It has also been divided into sub-databases for different application scenarios. In addition, the ARGs-OAP has been improved with adjusted quantification methods, simplified tool implementation, and multiple functions with userdefined reference databases. Moreover, the online platform now provides a diverse biostatistical analysis workflow with visualization packages for the efficient interpretation of ARG profiles. The ARGs-OAP v3.0 with an improved database and analysis pipeline will benefit academia, governmental management, and consultation regarding risk assessment of the environmental prevalence of ARGs.
关键词: SARG database ARGs-OAP Antibiotic-resistance genes Environmental metagenome Quantification
数据标识编码——连接材料基因组工程数据库与可传承集成智能制造的桥梁 Perspective
王毅, 李佩璇, 林徳烨, 唐斌, 王军, 管全梅, 叶谦, 代海星, 高军, 范晓丽, 寇宏超, 宋海峰, 周峰, 马纪军, 刘梓葵, 李金山, 刘维民
《工程(英文)》 2020年 第6卷 第6期 页码 612-620 doi: 10.1016/j.eng.2020.05.001
数据标识符(DID)是所有类型数据库中必不可少的标签,尤其是与集成计算材料工程(ICME)、可传承集成智能制造(I3M)和工业物联网有关的数据库依据全球多个官方文件的展望蓝图的指引和先进材料的快速发展,需要进行更多的研究工作来建立材料信息学的相关数据标准。包括汉信码(Hanxin Code)、龙贝(Lots Perception Matrix, LP)码、快速反应(Quick Response, QR)码、网格矩阵(Grid Matrix, GM)码和数据矩阵通过将这些二维码作为一组与云平台相连的数据指纹,人们可以自动跟踪成分-工艺-结构-性能-服役全流程中的进度和更新,为加速先进材料的发现和制造以及提高研究产出、效能和协作铺平道路。
用于定义系统表现特征的基因型与表型仓库数据库的信息图式构造方法 Article
Shahab POURTALEBI,Imre HORVÁTH
《信息与电子工程前沿(英文)》 2016年 第17卷 第9期 页码 862-884 doi: 10.1631/FITEE.1600997
关键词: 信息物理系统;软件工具箱;预实体化设计;系统表现特征;仓库;数据库图式;基因型系统表现特征;表型系统表现特征;实例系统表现特征;信息模式构造
标题 作者 时间 类型 操作
转移性结直肠癌治疗模式随时间的变化趋势以及其与患者生存期的关系——一项基于智能大数据平台的回顾性队列研究
王梓贤, 姚逸尘, 麦宗炯, 林武豪, 黄酉生, 金颖, 骆卉妍, 张东生, 王风华, 王峰, 陈功, 丁培荣, 元云飞, 李宇红, 黄金华, 潘志忠, 徐瑞华
期刊论文
结直肠癌、基质和正常结肠黏膜显微解剖区域N-糖组的显著多样性
Di Wang, Katarina Madunić , Tao Zhang, Guinevere S.M. Lageveen-Kammeijer, Manfred Wuhrer
期刊论文
从结直肠癌细胞和组织样本释放的外泌体中检测肿瘤相关抗原自身抗体的多路生物传感诊断平台展示了对结直肠癌的高诊断能力
Ana Montero-Calle, Itziar Aranguren-Abeigon, María Garranzo-Asensio, Carmen Poves, María Jesús Fernández-Aceñero, Javier Martínez-Useros, Rodrigo Sanz, Jana Dziaková, Javier Rodriguez-Cobos, Guillermo Solís-Fernández, Eloy Povedano, Maria Gamella, Rebeca Magnolia Torrente-Rodríguez, Miren Alonso-Navarro, Vivian de los Ríos, J. Ignacio Casal, Gemma Domínguez, Ana Guzman-Aranguez, Alberto Peláez-García, José Manuel Pingarrón, Susana Campuzano, Rodrigo Barderas
期刊论文
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
期刊论文
数据标识编码——连接材料基因组工程数据库与可传承集成智能制造的桥梁
王毅, 李佩璇, 林徳烨, 唐斌, 王军, 管全梅, 叶谦, 代海星, 高军, 范晓丽, 寇宏超, 宋海峰, 周峰, 马纪军, 刘梓葵, 李金山, 刘维民
期刊论文