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Transcriptomics and proteomics in stem cell research
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《医学前沿(英文)》 2014年 第8卷 第4期 页码 433-444 doi: 10.1007/s11684-014-0336-0
Stem cells are capable of self-renewal and differentiation, and the processes regulating these events are among the most comprehensively investigated topics in life sciences. In particular, the molecular mechanisms of the self-renewal, proliferation, and differentiation of stem cells have been extensively examined. Multi-omics integrative analysis, such as transcriptomics combined with proteomics, is one of the most promising approaches to the systemic investigation of stem cell biology. We reviewed the available information on stem cells by examining published results using transcriptomic and proteomic characterization of the different stem cell processes. Comprehensive understanding of these important processes can only be achieved using a systemic methodology, and employing such method will strengthen the study on stem cell biology and promote the clinical applications of stem cells.
Zhiqiang XIA,Xin CHEN,Cheng LU,Meiling ZOU,Shujuan WANG,Yang ZHANG,Kun PAN,Xincheng ZHOU,Haiyan WANG,Wenquan WANG
《农业科学与工程前沿(英文)》 2016年 第3卷 第4期 页码 295-307 doi: 10.15302/J-FASE-2016126
关键词: cassava comparative transcriptomics energy transport photosynthesis starch synthesis
Hui Wan,Yu Xia,Jianghua Li,Zhen Kang,Jingwen Zhou
《化学科学与工程前沿(英文)》 2017年 第11卷 第1期 页码 72-88 doi: 10.1007/s11705-016-1580-4
关键词: 2D-DIGE pqqB pyrroloquinoline quinone RNA-Seq Vitamin C
Sepsis biomarkers: an omics perspective
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《医学前沿(英文)》 2014年 第8卷 第1期 页码 58-67 doi: 10.1007/s11684-014-0318-2
Sepsis is a common cause of death in hospitalized patients worldwide. The early detection of sepsis remains a great challenge for clinicians, and delayed diagnosis frequently undermines treatment efforts, thereby contributing to high mortality. Omics technologies allow high-throughput screening of sepsis biomarkers. This review describes currently available and novel sepsis biomarkers in the context of genomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics. The combination of these technologies can help refine the diagnosis of sepsis. This review paper serves as a reference for future studies that employ an integrated, multi-omics approach to disease identification.
关键词: sepsis biomarker genomics transcriptomics proteomics metabolomics
Fengxia YIN,Hui LIU,Shorgan BOU,Guangpeng LI
《农业科学与工程前沿(英文)》 2014年 第1卷 第2期 页码 104-113 doi: 10.15302/J-FASE-2014003
关键词: nuclear reprogramming somatic cell transcription factors transcriptomics
Chen-Kai JIANG, De-Jiang NI, Ming-Zhe YAO, Jian-Qiang MA, Liang CHEN
《农业科学与工程前沿(英文)》 页码 215-230 doi: 10.15302/J-FASE-2021382
关键词: harvest season metabolites tea shoots transcriptomics untargeted metabolomics
信息科学应引领未来的生物医学研究 Perspective
Kenta Nakai
《工程(英文)》 2019年 第5卷 第6期 页码 1155-1158 doi: 10.1016/j.eng.2019.07.023
笔者从长期回顾的角度阐述了对人工智能(AI)/数据科学与生物医学之间关系的看法。随着新技术的不断出现,现代生物医学的发展持续加速。由于所有生命系统基本上都受其自身DNA中信息的支配,因此信息科学对生物医学的研究具有特别重要的意义。与物理学不同,在生物学中没有发现(或很少有)主导定律。因此,在生物学中,“数据到知识”方法很重要。人工智能在历史上一直应用于生物医学,最近的新闻表明,基于人工智能的方法在国际蛋白质结构预测竞争中获得了最佳性能,这可能被视为该领域的另一个里程碑。类似的方法可能有助于解决基因组序列解释中的问题,如确定患者基因组中的癌症驱动突变。最近,新一代测序(NGS)的爆炸性发展已产生大量数据,并且这种趋势将加速。NGS不仅用于“读取”DNA序列,而且还用于在单细胞水平上获得各种类型的信息。这些数据可以视为气候模拟中的网格数据点。数据科学和人工智能对于这些数据的综合解释/模拟都将变得至关重要,并将在未来的精密医学中起主导作用。
基于转录组学及多尺度生物测定多模态鉴定宣肺败毒方抑制巨噬细胞免疫反应的活性成分 Article
赵璐, 刘豪, 王迎超, 王书芳, 荀得金, 王毅, 程翼宇, 张伯礼
《工程(英文)》 2023年 第20卷 第1期 页码 63-76 doi: 10.1016/j.eng.2021.09.007
宣肺败毒方(XFBD)是一种临床用于治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病患的中药方剂,在临床实践中表现出了显著的疗效,但对其潜在的药理学机制尚不清楚。本研究结合网络药理学、转录组学和多模型系统生物测定等综合研究方法,研究了XFBD生物活性物质及其药理作用机制。通过高分辨质谱与分子网络相结合,对XFBD中的主要活性物质进行了分析,共鉴定或初步鉴定了104种化合物,包括黄酮类、萜类、羧酸类和其他类型的成分。基于所鉴定的XFBD化学组分,开展了网络药理学分析并将炎症相关通路确定为主要靶点。在脂多糖诱导的急性炎症小鼠模型中,XFBD明显减轻了肺部炎症,降低了血清促炎细胞因子水平。转录组学分析表明,经XFBD治疗后,与巨噬细胞功能相关的基因表达水平发生改变。在巨噬细胞细胞系和斑马鱼创伤模型中,XFBD对巨噬细胞的激活和迁移均有很强的抑制作用。最终,通过多模型系统筛选,发现XFBD中虎杖、芦根、化橘红显著下调巨噬细胞活化,虎杖苷、异甘草苷、毛蕊花糖苷为活性化合物;青蒿和麻黄显著抑制内源性巨噬细胞迁移,麻黄碱、白术内酯和山奈酚为活性化合物。综上所述,本研究通过多模态方法研究了XFBD调节炎症的活性成分以及相关药理学机制,从而为XFBD的临床疗效提供了生物学例证。
通过鉴定关键靶标蛋白探究青蒿素抗疟机制 Article
高鹏, 王建友, 陈嘉鋆, 谷丽维, 王晨, 徐丽婷, Yin Kwan Wong, 张会敏, 徐承超, 戴凌云, 王继刚
《工程(英文)》 2023年 第31卷 第12期 页码 86-97 doi: 10.1016/j.eng.2023.06.001
青蒿素(ART)及其衍生物的广泛使用极大地减轻了全球疟疾负担。然而,疟疾仍然对全球健康构成严重威胁。尽管ART抗疟机制的研究在近年已经取得了重大进展,但其最关键治疗靶点蛋白和途径仍然是未知的。当前,在东南亚等地区已经出现了ART耐药性的迹象,因此迫切需要了解ART确切的抗疟机制。在本研究中,我们使用质谱-细胞热转移技术(MS-CETSA)和转录组学分析联用策略来鉴定ART的潜在靶标蛋白。然后对五个潜在靶蛋白进行了一系列验证实验,证明了ART可能通过干扰疟原虫的氧化还原稳态,脂质代谢和蛋白质合成过程来发挥抗疟作用。总之,本研究为ART的抗疟机制研究提供了新的视角,并确定了几种参与寄生虫生存的关键蛋白,这些蛋白可以作为防治疟疾的靶标。
标题 作者 时间 类型 操作
Comparative transcriptomics revealed enhanced light responses, energy transport and storage in domestication
Zhiqiang XIA,Xin CHEN,Cheng LU,Meiling ZOU,Shujuan WANG,Yang ZHANG,Kun PAN,Xincheng ZHOU,Haiyan WANG,Wenquan WANG
期刊论文
Identification of transporter proteins for PQQ-secretion pathways by transcriptomics and proteomics analysis
Hui Wan,Yu Xia,Jianghua Li,Zhen Kang,Jingwen Zhou
期刊论文
Oocyte-associated transcription factors in reprogramming after somatic cell nuclear transfer: a review
Fengxia YIN,Hui LIU,Shorgan BOU,Guangpeng LI
期刊论文
METABOLIC AND TRANSCRIPTOME ANALYSIS REVEALS METABOLITE VARIATION AND FLAVONOID REGULATORY NETWORKS IN FRESH SHOOTS OF TEA (
Chen-Kai JIANG, De-Jiang NI, Ming-Zhe YAO, Jian-Qiang MA, Liang CHEN
期刊论文