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王娜,郭欣妍,单正军,蔡道基
《中国工程科学》 2021年 第23卷 第1期 页码 167-173 doi: 10.15302/J-SSCAE-2021.01.023
抗生素在畜禽养殖业中发挥了重要保障作用，但畜禽粪便农用后伴生的抗生素耐药性传播风险日益显现，农田土壤抗生素及其耐药基因的风险管控工作亟待开展本文总结了农田土壤中抗生素的污染现状，梳理了农田土壤中新兴污染物抗生素管控存在的问题，提出了农田土壤抗生素及其耐药基因的风险管控建议。研究发现，农田土壤抗生素及其耐药基因的污染风险不可忽视，但抗生素类新兴污染物尚未纳入土壤风险管控范围内。应设立严格的兽药应用监管机制，从养殖源头扼制风险的发生概率；制定有机肥中反映耐药性的控制标准，出台技术指南以规范含抗生素粪便的处置与施用，减少抗生素耐药基因进入环境的总量。同时加紧开展环境抗生素耐药性产生和转移的人类健康风险评估研究，实施农田土壤环境抗生素耐药常规监测，发挥风险评估在该类污染物风险管控工作中的作用。
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化 Article
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
《工程（英文）》 2023年 第27卷 第8期 页码 234-241 doi: 10.1016/j.eng.2022.10.011
Antibiotic resistance, which is encoded by antibiotic-resistance genes (ARGs), has proliferated to become a growing threat to public health around the world. With technical advances, especially in the popularization of metagenomic sequencing, scientists have gained the ability to decipher the profiles of ARGs in diverse samples with high accuracy at an accelerated speed. To analyze thousands of ARGs in a highthroughput way, standardized and integrated pipelines are needed. The new version (v3.0) of the widely used ARGs online analysis pipeline (ARGs-OAP) has made significant improvements to both the reference database—the structured ARGs (SARG) database—and the integrated analysis pipeline. SARG has been enhanced with sequence curation to improve annotation reliability, incorporate emerging resistance genotypes, and determine rigorous mechanism classification. The database has been further organized and visualized online in the format of a tree-like structure with a dictionary. It has also been divided into sub-databases for different application scenarios. In addition, the ARGs-OAP has been improved with adjusted quantification methods, simplified tool implementation, and multiple functions with userdefined reference databases. Moreover, the online platform now provides a diverse biostatistical analysis workflow with visualization packages for the efficient interpretation of ARG profiles. The ARGs-OAP v3.0 with an improved database and analysis pipeline will benefit academia, governmental management, and consultation regarding risk assessment of the environmental prevalence of ARGs.
关键词： SARG database ARGs-OAP Antibiotic-resistance genes Environmental metagenome Quantification
越南广平和顺化两省猪场分离副猪嗜血杆菌的抗生素耐药表型和耐药基因之间的相关性研究 Article
Chao Nguyen Van, 张丽君, Tam Vu Thi Thanh, Hung Pham Hoang Son, Tuan Tran Ngoc, 黄琦, 周锐
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第1期 页码 40-48 doi: 10.1016/j.eng.2019.10.014
关键词： 副猪嗜血杆菌，抗药性，耐药基因，越南
用于环境催化的MoS2/ZIF-8复合材料——太阳能驱动的抗生素降解工程 Article
陈文倩, 李琳悦, 李林, 裘文慧, 唐量, 徐玲, 许科军, 吴明红
《工程（英文）》 2019年 第5卷 第4期 页码 755-767 doi: 10.1016/j.eng.2019.02.003
关键词： 1T/2H-MoS2 ZIF-8 抗生素降解 光催化
红霉素发酵菌渣长期施用对土壤耐药基因的累积影响 Article
韩子铭, 冯皓迪, 栾晓, 沈云鹏, 任立人, 邓留杰, D.G. Joakim Larsson, Michael Gillings, 张昱, 杨敏
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 78-88 doi: 10.1016/j.eng.2022.05.011
抗生素发酵生产过程产生的富含有机质的发酵菌渣具有资源化的潜力，但残留的高浓度抗生素限制了其资源化利用。土壤宏基因组测序发现，农业常规剂量施用对土壤耐药基因影响较弱，但极端高剂量施用对土壤耐药基因产生累积影响。具体而言，土壤耐药基因丰度和多样性没有受到单次（第一年）施用的影响，但在第二年和第三年期间逐渐发生变化，大环内酯类耐药基因被选择性富集。被富集的大环内酯类耐药基因以RNA甲基化酶基因erm和外排泵基因mac为主；宏基因组组装与分箱结果表明，水平转移在erm基因的传播中发挥重要作用，<本研究揭示了亚抑制水平红霉素长期暴露对土壤耐药基因产生累积影响的机制，菌渣中抗生素的高效去除和菌渣环境耐药性影响的长期评价对未来菌渣安全处置与资源化利用至关重要。
夏照帆,吕开阳,汤陈琪,李骏强
《中国工程科学》 2017年 第19卷 第2期 页码 106-111 doi: 10.15302/J-SSCAE-2017.02.018
陈玲 ,杨潇 ,张琳钰 ,胡海冬 ,王瑾丰 ,吴兵 ,任洪强
《中国工程科学》 2022年 第24卷 第6期 页码 99-106 doi: 10.15302/J-SSCAE-2022.07.003
李凌菲, 毛圆翔, 董慧峪, 王艳, 徐垒, 刘绍刚, 许谦, 强志民, 吉芳英
《工程（英文）》 2023年 第28卷 第9期 页码 16-20 doi: 10.1016/j.eng.2022.05.005
微生物源性抗菌肽在可持续农业中的生物前景 Review
林书华, 陈选, 陈惠敏, 蔡茜茜, 陈旭, 汪少芸
《工程（英文）》 2023年 第27卷 第8期 页码 222-233 doi: 10.1016/j.eng.2022.08.011
为满足可持续农业发展体系构建的需求，本文开发了一种可用于替代传统抗生素的策略。该策略指出了一种可用作传统抗生素的替代品——抗菌肽（AMPs），其具有广谱抗菌活性和多靶点抗菌机制的特点。
肠道菌群调控的色氨酸代谢改善了D-Gal/LPS诱导的C57BL/6小鼠急性肝衰竭 Article
郑志鹏, 伍莉, 韩玉秋, 陈俊, 朱帅, 姚圆圆, 王保红, 李兰娟
《工程（英文）》 2022年 第14卷 第7期 页码 134-146 doi: 10.1016/j.eng.2020.12.013
2018—2019年我国北方地区奶牛临床型乳房炎源肺炎克雷伯菌的分子特征 Article
宋士凯, 何文娟, 杨大伟, Manar Benmouffok, 王瑶, 李基云, 孙城涛, 宋祥彬, 马士珍, 蔡畅, 丁双阳, 吴聪明, 沈张奇, 汪洋
《工程（英文）》 2022年 第10卷 第3期 页码 146-154 doi: 10.1016/j.eng.2021.01.015
应对可转移多黏菌素耐药性——饲料添加剂来源的白屈菜红碱具有双重效应 Article
宋黄威, 王雪杨, 张慕琛, 邹之宇, 杨思源, 易甜, 王建峰, 刘德俊, 沈应博, 代重山, 刘志海, Timothy R. Walsh, 沈建忠, 吴聪明, 汪洋
《工程（英文）》 2024年 第32卷 第1期 页码 163-173 doi: 10.1016/j.eng.2023.06.012
可转移多黏菌素耐药基因mcr-1及其变异体的出现、蔓延严重威胁了多黏菌素作为临床治疗多重耐药革兰阴性菌感染最后一道防线药物的药效寻找抗生素佐剂是恢复多黏菌素对其耐药菌敏感性的有效策略。然而，鲜有研究探索抗生素佐剂对多黏菌素耐药基因传播的影响。扰乱质子动势（proton motive force, PMF），产生活性氧（reactive oxygen species, ROS），造成细菌胞内ATP耗竭，下调了mcr-1及接合转移相关基因的转录水平白屈菜红碱的双重作用拓展了抗生素佐剂的应用范围，并提供了应对多黏菌素耐药的新思路。
抗白粉病基因 Pm40 在我国“后 Pm21 时代”小麦育种中的重要作用 Perspective
唐圣雯,胡玉亭,钟胜福,罗培高
《工程（英文）》 2018年 第4卷 第4期 页码 500-506 doi: 10.1016/j.eng.2018.06.004
大豆胞囊线虫抗性研究现状及其对大豆育种的启示 Review
Guiping Yan,Richard Baidoo
《工程（英文）》 2018年 第4卷 第4期 页码 534-541 doi: 10.1016/j.eng.2018.07.009
关键词： 大豆胞囊线虫 Heterodera glycines 抗性 分子育种
标题 作者 时间 类型 操作
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
期刊论文
越南广平和顺化两省猪场分离副猪嗜血杆菌的抗生素耐药表型和耐药基因之间的相关性研究
Chao Nguyen Van, 张丽君, Tam Vu Thi Thanh, Hung Pham Hoang Son, Tuan Tran Ngoc, 黄琦, 周锐
期刊论文
红霉素发酵菌渣长期施用对土壤耐药基因的累积影响
韩子铭, 冯皓迪, 栾晓, 沈云鹏, 任立人, 邓留杰, D.G. Joakim Larsson, Michael Gillings, 张昱, 杨敏
期刊论文
2018—2019年我国北方地区奶牛临床型乳房炎源肺炎克雷伯菌的分子特征
宋士凯, 何文娟, 杨大伟, Manar Benmouffok, 王瑶, 李基云, 孙城涛, 宋祥彬, 马士珍, 蔡畅, 丁双阳, 吴聪明, 沈张奇, 汪洋
期刊论文
应对可转移多黏菌素耐药性——饲料添加剂来源的白屈菜红碱具有双重效应
宋黄威, 王雪杨, 张慕琛, 邹之宇, 杨思源, 易甜, 王建峰, 刘德俊, 沈应博, 代重山, 刘志海, Timothy R. Walsh, 沈建忠, 吴聪明, 汪洋
期刊论文
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