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越南广平和顺化两省猪场分离副猪嗜血杆菌的抗生素耐药表型和耐药基因之间的相关性研究 Article
Chao Nguyen Van, 张丽君, Tam Vu Thi Thanh, Hung Pham Hoang Son, Tuan Tran Ngoc, 黄琦, 周锐
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第1期 页码 40-48 doi: 10.1016/j.eng.2019.10.014
副猪嗜血杆菌是一种对全球养猪业造成重大经济损失的病原菌。副猪嗜血杆菌防控失败的原因之一是细菌耐药性不断加重。越南拥有亚洲排名第二的生猪产量，但是缺乏针对副猪嗜血杆菌耐药性的相关研究和数据。本研究的目的是调查越南副猪嗜血杆菌的耐药性，并分析耐药性和耐药性基因之间的关系。本研究所使用的副猪嗜血杆菌分离菌株来自我们之前研究中从越南广平省和顺化省猪场分离到的菌株。本研究分别利用肉汤微稀释法和聚合酶链反应（PCR）法检测了这些菌株对25种抗生素的耐药性及相关耐药基因的存在情况。头孢呋辛、氯霉素和妥布霉素的耐药性表型分别与耐药基因blaROB-1 [优势比（OR） = 26.3, 95% 置信区间（CI）2.7~255.7, p = 0.002]、catl (本研究首次揭示了越南中部地区副猪嗜血杆菌的耐药性情况，有助于该疾病的临床控制，能够为降低越南中部的养猪业中该菌的耐药性以及为相关政策制定和临床用药提供指导。
关键词： 副猪嗜血杆菌，抗药性，耐药基因，越南
基于同一健康策略探究老挝人、动物和环境中多黏菌素耐药性的传播特征 Article
周宇晴, Refath Farzana, Somsavanh Sihalath, Sayaphet Rattanavong, Manivanh Vongsouvath, Mayfong Mayxay, Kirsty Sands, Paul N. Newton, David A.B. Dance, Brekhna Hassan, Timothy R. Walsh
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 45-56 doi: 10.1016/j.eng.2022.01.013
This study was designed to investigate the molecular epidemiology of mobile colistin resistance (mcr) using a "One-Health" approach in Laos and to predict whether any dominant plasmid backbone and/or strain type influences the dissemination of mcr. We collected 673 samples from humans (rectal normal flora), poultry, and the environment (water, flies, birds, etc.) in Vientiane, Lao People's Democratic Republic (Laos), from May to September 2018. A total of 238 Escherichia coli (E. coli) isolated from nonduplicative samples, consisting of 98 MCR-positive E. coli (MCRPEC) ("mcr" denotes the gene encoding mobile colistin resistance, and "MCR" denotes the subsequent protein encoded by mcr) and 140 MCRnegative E. coli (MCRNEC), were characterized by phenotype and Illumina sequencing. A subset of MCRPEC was selected for MinION sequencing, conjugation assay, plasmid stability, and growth kinetics in vitro. The prevalence of MCRPEC was found to be 14.6% (98/673), with the highest prevalence in human rectal swabs (45.9% (45/98), p < 0.0001, odds ratio (OR): 0.125, 95% confidence interval (CI): 0.077–0.202). The percentages of MCRPEC from other samples were 14.3% (2/14) in dog feces, 12.0% (24/200) in flies, 11.0% (11/100) in chicken meat, 8.9% (8/90) in chicken cloacal, 8.0% (4/50) in chicken caeca, and 7.5% (4/53) in wastewater. MCRPEC was significantly more resistant to co-amoxiclav, sulfamethoxazoletrimethoprim, levofloxacin, ciprofloxacin, and gentamicin than MCRNEC (p < 0.05). Genomic analysis revealed the distribution of MCRPEC among diverse clonal types. The putative plasmid Inc types associated with mcr-1 were IncX4, IncHI2, IncP1, IncI2, and IncFIA, and those associated with mcr-3 were IncFII, IncFIA, IncFIB, IncP1, and IncR. Recovery of highly similar plasmids from both flies and other sampling sectors implied the role of flies in the dissemination of mcr-1. mcr-positive plasmids were shown to be conjugative, and a significantly high transfer rate into a hypervirulent clone ST1193 was observed. Plasmids containing mcr irrespective of Inc type were highly stable and invariably did not exert a fitness effect upon introduction into a new host. These findings signify the urgent need for a standard infection control program to radically decontaminate the source of resistance.
细菌耐药性威胁人类健康 Editorial
沈建忠, Timothy R. Walsh
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 1-2 doi: 10.1016/j.eng.2022.06.003
猪链球菌中发现可介导链阳菌素A、截短侧耳素类以及林可酰胺类药物耐药的新型耐药基因 srpA Article
张朝阳, 刘璐, 张朋, 崔箐坡, 秦晓霞, 马立超, 韩坤, 王战辉, 王少林, 丁双阳, 沈张奇
《工程（英文）》 2022年 第9卷 第2期 页码 85-94 doi: 10.1016/j.eng.2020.12.015
细菌耐药性问题毫无疑问是全球最大的健康威胁之一。耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌、耐万古霉素的屎肠球菌和耐β-内酰胺的肺炎链球菌等多重耐药革兰氏阳性菌的出现，严重限制了临床可用的抗菌药物。截短侧耳素类、恶唑烷酮类以及链阳霉素类等许多靶向核糖体的抗菌药物，有望成为治疗这些多重耐药病原体的替代选择。本研究中，我们通过比较基因组学，在截短侧耳素类耐药猪链球菌中发现了一个新型耐药基因srpA。功能克隆试验显示该基因可以介导猪链球菌和金黄色葡萄球菌等对截短侧耳素类、林可酰胺类和链阳菌素A类抗菌药物的交叉耐药性。进一步研究发现SrpA 中loop 区的氨基酸突变或缺失将不同程度地影响细菌的耐药性，证实该结构域对SrpA 功能至关重要。这些研究结果阐明了SrpA介导耐药的分子机制。
微生物耐药性在人与动物间的传播——我们为什么需要知道更多？ Views & Comments
Julian Parkhill
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 11-12 doi: 10.1016/j.eng.2022.04.007
首次从猪体内分离鉴定人苍白杆菌 Article
谷世江, 侯瑞卿, 高盛果, 孙哲, 李向东, 翟路峰, 金云云, 朱巧艳, 廖永洪, 田克恭
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第1期 页码 49-55 doi: 10.1016/j.eng.2019.08.014
从具有神经症状的临床发病猪的脑中分离出一株革兰氏阴性杆菌，该猪脑组织病理检查结果显示有脑膜炎。从大脑样本中成功分离的这株菌经生化反应（API 20 NE）鉴定为人苍白杆菌（O. anthropi ），并通过基因测序进行了确证。该菌株对β -内酰胺类抗生素高度耐药。用该O. anthropi 分离株对小鼠进行攻毒试验，结果感染小鼠显示出典型的脑膜炎症状。这是首次报道从猪体内分离O. anthropi，表明O. anthropi 可能具有更广泛的宿主感染谱。
头孢他啶-阿维巴坦耐药革兰氏阴性菌的流行病学特征及耐药机制 Review
徐婷婷, 郭育奇, 姬扬, 王保红, 周凯
《工程（英文）》 2022年 第11卷 第4期 页码 138-145 doi: 10.1016/j.eng.2020.11.004
细菌的碳青霉烯耐药性是全球公共健康面临的一个重大挑战，由碳青霉烯耐药菌（CRO）引起的临床感染通常有很高的发病率和死亡率。然而，这种药物在临床使用后不久，细菌的耐药性就已经出现，并且呈上升趋势。了解细菌对CAZ-AVI 的耐药机制，对于指导开发新型治疗方法、帮助预测潜在的耐药机制至关重要。本文旨在系统总结CAZ-AVI 耐药菌株的流行病学发展过程和最近发现的CAZ-AVI 耐药机制；将重点关注β-内酰胺酶突变体的产生、β-内酰胺酶高表达、细胞表面通透性降低以及药物外排泵的过表达短时间内多种CAZ-AVI耐药机制的产生，强调了临床合理用药的重要性以及监测CAZ-AVI 耐药性病原体的必要性。
基于系统发育和比较基因组分析揭示与发酵乳杆菌缓解结肠炎相关的关键基因 Article
赵岩, 张程程, 于雷雷, 田丰伟, 赵建新, 张灏, 陈卫, 翟齐啸
《工程（英文）》 2022年 第17卷 第10期 页码 170-182 doi: 10.1016/j.eng.2020.09.016
越来越多的研究表明，发酵乳杆菌可以用于溃疡性结肠炎的预防和治疗。本研究中，我们从中国不同地区的人群粪便样本中分离出了105 株发酵乳杆菌，并对其基因组草图进行了测序。我们分析了这些菌株的泛基因组和系统发育特征，并对4 个模型菌株（发酵乳杆菌3872、CECT5716、IFO3956 和VRI003）也进行了分析。系统发育分析表明，发酵乳杆菌基因组的进化方向与宿主的地理位置、性别、族群和年龄没有明显的关系。我们挑选了3 株来自不同的系统发育支系的发酵乳杆菌（FWXBH115、FGDLZR121和FXJCJ61）和发酵乳杆菌模式菌株CECT5716，通过构建右旋糖酐硫酸钠（DSS）诱导的结肠炎小鼠模型，
红霉素发酵菌渣长期施用对土壤耐药基因的累积影响 Article
韩子铭, 冯皓迪, 栾晓, 沈云鹏, 任立人, 邓留杰, D.G. Joakim Larsson, Michael Gillings, 张昱, 杨敏
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 78-88 doi: 10.1016/j.eng.2022.05.011
王娜,郭欣妍,单正军,蔡道基
《中国工程科学》 2021年 第23卷 第1期 页码 167-173 doi: 10.15302/J-SSCAE-2021.01.023
抗生素在畜禽养殖业中发挥了重要保障作用，但畜禽粪便农用后伴生的抗生素耐药性传播风险日益显现，农田土壤抗生素及其耐药基因的风险管控工作亟待开展本文总结了农田土壤中抗生素的污染现状，梳理了农田土壤中新兴污染物抗生素管控存在的问题，提出了农田土壤抗生素及其耐药基因的风险管控建议。研究发现，农田土壤抗生素及其耐药基因的污染风险不可忽视，但抗生素类新兴污染物尚未纳入土壤风险管控范围内。应设立严格的兽药应用监管机制，从养殖源头扼制风险的发生概率；制定有机肥中反映耐药性的控制标准，出台技术指南以规范含抗生素粪便的处置与施用，减少抗生素耐药基因进入环境的总量。同时加紧开展环境抗生素耐药性产生和转移的人类健康风险评估研究，实施农田土壤环境抗生素耐药常规监测，发挥风险评估在该类污染物风险管控工作中的作用。
2014—2016年食品动物源RE-cmeABC阳性弯曲菌流行与耐药性现状 Article
刘德俊, 刘蔚雯, 李星, 姚红, 沈张奇, 汪洋, 沈建忠
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第1期 页码 34-39 doi: 10.1016/j.eng.2019.10.013
关键词： RE- cmeABC 弯曲菌 环丙沙星 氟苯尼考
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化 Article
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
《工程（英文）》 2023年 第27卷 第8期 页码 234-241 doi: 10.1016/j.eng.2022.10.011
Antibiotic resistance, which is encoded by antibiotic-resistance genes (ARGs), has proliferated to become a growing threat to public health around the world. With technical advances, especially in the popularization of metagenomic sequencing, scientists have gained the ability to decipher the profiles of ARGs in diverse samples with high accuracy at an accelerated speed. To analyze thousands of ARGs in a highthroughput way, standardized and integrated pipelines are needed. The new version (v3.0) of the widely used ARGs online analysis pipeline (ARGs-OAP) has made significant improvements to both the reference database—the structured ARGs (SARG) database—and the integrated analysis pipeline. SARG has been enhanced with sequence curation to improve annotation reliability, incorporate emerging resistance genotypes, and determine rigorous mechanism classification. The database has been further organized and visualized online in the format of a tree-like structure with a dictionary. It has also been divided into sub-databases for different application scenarios. In addition, the ARGs-OAP has been improved with adjusted quantification methods, simplified tool implementation, and multiple functions with userdefined reference databases. Moreover, the online platform now provides a diverse biostatistical analysis workflow with visualization packages for the efficient interpretation of ARG profiles. The ARGs-OAP v3.0 with an improved database and analysis pipeline will benefit academia, governmental management, and consultation regarding risk assessment of the environmental prevalence of ARGs.
关键词： SARG database ARGs-OAP Antibiotic-resistance genes Environmental metagenome Quantification
用于分枝杆菌碱基编辑的PAM扩展型嗜热链球菌Cas9 C到T和C到G碱基编辑器 Article
张洪源, 张翼飞, 王卫晓, 陈未中, 张侠, 黄行许, 陈伟, 季泉江
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 67-77 doi: 10.1016/j.eng.2022.02.013
结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis, MTB）耐药性是临床治疗面临的重大挑战，迫切需要开发治疗耐药结核病的新型策略依赖于规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPR）的碱基编辑器能够快速有效地进行碱基编辑和基因失活，然而，目前还没有开发出可用于MTB的碱基编辑器。将CTBE和CGBE用于耻垢分枝杆菌的基因编辑时，产物的纯度得到了提高，并且能够进行多位点编辑。首先在耻垢分枝杆菌中测试了CTBE和CGBE的编辑效率，随后测试了CTBE在MTB中的编辑效率。本文提出的方法显著减少了在MTB中进行精确遗传操作所需要的时间，并将推动分枝杆菌功能基因组学、抗生素-耐药性机制研究和药物-靶点研究的发展。
刘红,杨帆,张笑冰,张继瑜,杨国威,董杰,薛颖,侯云德,袁正宏,闻玉梅,徐建国,陈洪松,马大龙,王宇,杨剑,沈岩,强伯勤,吴洪涛,贺秉坤,吕渭川,金奇
《中国工程科学》 2002年 第4卷 第10期 页码 40-47
关键词： 福氏2a志贺菌301株 全基因组序列测定 痢疾岛 毒力岛
标题 作者 时间 类型 操作
越南广平和顺化两省猪场分离副猪嗜血杆菌的抗生素耐药表型和耐药基因之间的相关性研究
Chao Nguyen Van, 张丽君, Tam Vu Thi Thanh, Hung Pham Hoang Son, Tuan Tran Ngoc, 黄琦, 周锐
期刊论文
基于同一健康策略探究老挝人、动物和环境中多黏菌素耐药性的传播特征
周宇晴, Refath Farzana, Somsavanh Sihalath, Sayaphet Rattanavong, Manivanh Vongsouvath, Mayfong Mayxay, Kirsty Sands, Paul N. Newton, David A.B. Dance, Brekhna Hassan, Timothy R. Walsh
期刊论文
猪链球菌中发现可介导链阳菌素A、截短侧耳素类以及林可酰胺类药物耐药的新型耐药基因 srpA
张朝阳, 刘璐, 张朋, 崔箐坡, 秦晓霞, 马立超, 韩坤, 王战辉, 王少林, 丁双阳, 沈张奇
期刊论文
红霉素发酵菌渣长期施用对土壤耐药基因的累积影响
韩子铭, 冯皓迪, 栾晓, 沈云鹏, 任立人, 邓留杰, D.G. Joakim Larsson, Michael Gillings, 张昱, 杨敏
期刊论文
“细菌耐药性形成及防控策略国际高端论坛暨第一届细菌耐药青年学术论坛”在桐乡举行
2021年11月16日
会议信息
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
期刊论文
京公网安备 11010502051620号
