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hsa-miR-197在子宫肌瘤中的表达及生物信息学特征分析
徐青,付子毅,吴小莉,皇甫玉爽,凌静
《中国工程科学》 2014年 第16卷 第5期 页码 99-104
关键词： 子宫肌瘤 hsa-miR-197 生物信息学 靶基因
信息学：健康和医疗保健的创新前沿 Views & Comments
Molly Joel Coye, MD, MPH
《工程（英文）》 2016年 第2卷 第1期 页码 37-39 doi: 10.1016/J.ENG.2016.01.009
数据中心设计——一种微结构材料体系设计新方法 Article
Wei Chen, Akshay Iyer, Ramin Bostanabad
《工程（英文）》 2022年 第10卷 第3期 页码 89-98 doi: 10.1016/j.eng.2021.05.022
在高通量计算材料科学时代，材料基因组计划的核心是为计算材料设计建立数据处理、材料结构和材料属性（PSP）之间的关系。近年来，在数据获取和存储，微结构表征和重建（MCR），机器学习（ML），材料建模和仿真，数据处理、材料制造和实验方面取得的技术进步，显著提升了研究人员在PSP关系的建立和逆向材料设计方面的能力。本文将从设计研究的角度审视这些进步。特别介绍了一种数据中心设计方法，并从本质上将该方法分为三个方面：设计表征、设计评估和设计合成。每个方面的发展都由领域知识指导并从中受益。因此，针对每个方面，提出了一种应用广泛的计算方法，这些方法的集成实现了以数据为中心的材料发现和设计。
工业5.0——仿生学和合成生物学的关联及内涵 Artical
Peter Sachsenmeier
《工程（英文）》 2016年 第2卷 第2期 页码 225-229 doi: 10.1016/J.ENG.2016.02.015
仿生学(模仿生物特殊本领的学科) 以及合成生物学，将和过去50年的硅芯片一样与工程开发、工业发展产生紧密联系。化学工业已经将白色生物技术应用于新工艺、新材料和资源的可持续利用中。合成生物学也已经应用到第二代生物燃料的发展中，并利用特制的微生物或生物制催化剂获取太阳能。而仿生学在制药、处理工程以及DNA存储领域的市场潜力是巨大的。除此之外，还探讨了涉及人造食物链和食物的仿生学前沿——合成代谢，以及原材料生物工程。这些研究将给生物学带来新思考。生物工程将和今天的数字化技术一样驱动创新。本文讨论了生物工程，特别是碳基生物燃料的应用和细胞饰变的技术与风险。大数据、分析学和海量存储将是未来的发展方向。本文采用了将生物工程发展分为五个阶段(DNA分析、生物回路、最小基因组、原始细胞、异源生物学)的普遍分类方法，阐述了其对安全与保障、工业发展以及生物工程和生物技术作为跨学科领域发展的影响，同时讨论了伦理问题及公众对仿生学和合成生物学结果的公众讨论的重要性
关键词： 仿生学 合成生物学 生物工程 生物传感器 生物燃料 生物武器 虚拟进化 原始细胞 异种细胞 经济意义 工业5.0 德国 中国
陈冀胜
《中国工程科学》 2003年 第5卷 第2期 页码 16-19
生物毒素是一类具有重要意义的生物源化学物质，已知化学结构的毒素可达数千种。生物毒素表现出生源、化学结构、作用机制等多方面的多样性。生物毒素研究已发展成为与多种学科交叉的新学科——毒素学，其发展对于生命化学、生源合成化学、化学生物学、化学生态学、医学、药物学、环境科学均有重要意义，对药物创新研究更具积极作用。许多生物毒素可作为临床药物或导向化合物，并可为药物分子设计提供有价值的新药效模型和结构构架，更能为发现药物新作用靶位发挥特殊作用。
钟义信
《中国工程科学》 1999年 第1卷 第1期 页码 24-29
信息网络正在各地迅猛崛起，并以史所罕见的规模和速度生长成为世界性社会基础结构，深刻地改变着人们的生产方式、工作方式、学习方式、交往方式、生活方式和思维方式，成为工程学界以至整个社会普遍关注的集点、文章旨在从理论上廓清信息网络的概念，阐明为什么信息网络对于科学技术的进步、对于世界经济和人类社会的发展能够产生如此巨大和深远的作用与影响。在此基础上，论述信息网络在现代工程学中的作用与地位，以及信息网络工程学在当前的主要研究内容和方向。
钟义信
《中国工程科学》 2004年 第6卷 第6期 页码 1-8
王裕清
《中国工程科学》 2005年 第7卷 第11期 页码 12-16
论述了生物机械工程的重要意义、研究现状、发展趋势、存在问题及对策，旨在推动我国生物机械工程的研究和学术地位的确立，推动生物医学工程学的进步，提高人民的健康水平。
信息科学应引领未来的生物医学研究 Perspective
Kenta Nakai
《工程（英文）》 2019年 第5卷 第6期 页码 1155-1158 doi: 10.1016/j.eng.2019.07.023
笔者从长期回顾的角度阐述了对人工智能（AI）/数据科学与生物医学之间关系的看法。随着新技术的不断出现，现代生物医学的发展持续加速。由于所有生命系统基本上都受其自身DNA中信息的支配，因此信息科学对生物医学的研究具有特别重要的意义。与物理学不同，在生物学中没有发现（或很少有）主导定律。因此，在生物学中，“数据到知识”方法很重要。人工智能在历史上一直应用于生物医学，最近的新闻表明，基于人工智能的方法在国际蛋白质结构预测竞争中获得了最佳性能，这可能被视为该领域的另一个里程碑。NGS不仅用于“读取”DNA序列，而且还用于在单细胞水平上获得各种类型的信息。这些数据可以视为气候模拟中的网格数据点。
代谢组扩展生物学的“旁中心法则”——对理解基因组学-糖组学-代谢组学-表观基因组学互作的意义
Albert Stuart Reece
《工程（英文）》 2023年 第26卷 第7期 页码 16-16 doi: 10.1016/j.eng.2022.07.011
The central dogma of biology holds that the transcription of DNA into RNA and the translation of RNA into proteins forms the primary axis of biological activity [1]. Following major advances in the description of the complex glycan and lipid chains that are added onto these basic building blocks, the glycome and lipidome have recently been added to this doctrine as an exciting new extension named the ‘‘paracentral dogma” [2]. However, it has been pointed out that biological systems can include many layers, which are described in modern omics technology platforms relating to both cell-intrinsic and cell-extrinsic layers of control, including metabolomic, microbiomic, immunological, epigenomic, epitranscriptomic, proteomic and phosphoproteomic layers [3].
It is well known that stem and progenitor cells have a metabolism that is based on glycolysis and glutaminolysis [4]. Although this provides less energy to the cell than oxidative phosphorylation, it suffices for these cells’ needs, since such cells are generally relatively quiescent and normally suppress energy-intensive processes such as genome duplication and transcription. Moreover, it has been shown that the high intracellular lactate levels involved in such states not only inhibits the key gatekeeper enzymes of oxidative phosphorylation (i.e., pyruvate dehydrogenase and carnitine palmitoyl acyltransferase) but also actually covalently modifies them by lactylation in order to maintain this inhibited metabolic–epigenomic state [5]. In addition, intermediate metabolism and nutrients are the source of the very extensive library of post-translational modifications to DNA, RNA, and proteins, as well as supplying cellular energy for many of the required reactions. Hence, the metabolic state locks in and reinforces the epigenomic state, and the metabolome and epigenome thereby play mutually reinforcing roles. This self-reinforcing coordination explains why it is so difficult to generate induced pluripotent cells and is a contributory explanation for why the described protocols typically have such low cellular yields.
These concepts become even more important when it is considered that cancer cells are de-differentiated, similarly rely on glycolysis and glutaminolysis, and are similarly metabolically–epigenomically–genomically synchronized. The disruption of this metabolic system is a key focus of mechanistic cancer research.
These important considerations imply that the descriptive and predictive power of the newly described ‘‘paracentral dogma” of biology may be usefully and meaningfully extended by including the metabolome, along with the genome, transcriptome, proteome, glycome, and lipidome, to describe cell-intrinsic regulation—not only in terms of another omics analytical layer but also as a fully predictive and interactive partner in the symphonic-like multilayer coordination that evidently comprises cellular regulatory layering.
兽医流行病学在疾病控制、预防和农场生物安全性中的作用 Review
Ian D. Robertson
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第1期 页码 20-25 doi: 10.1016/j.eng.2019.10.004
关键词： 生物安全性，疾病控制，流行病学
闵恩泽,杜泽学
《中国工程科学》 2010年 第12卷 第2期 页码 11-15
介绍了美国、欧盟等和我国生物柴油产业发展的最新进展，包括产能、标准和政策等。从原料供应和生产经济性角度分析了我国生物柴油产业发展面临的困境，并建议采用废弃油脂作为起点，推动我国生物柴油产业发展，特别是要用生物柴油（脂肪酸甲酯）和甘油来生产高附加值的化工产品，大幅度提高利润。
于晴,黄婷婷,邓子新
《中国工程科学》 2021年 第23卷 第5期 页码 69-78 doi: 10.15302/J-SSCAE-2021.05.009
微生物来源的天然产物药物具有结构多样、活性优良等优点，临床应用潜力巨大。本研究系统分析了我国微生物药物产业发展现状，梳理了微生物种质资源利用、优良菌种筛选和发酵工艺优化、菌株工程化改造、新型微生物药物创制等技术趋势，助力我国破解产业瓶颈、加速产业升级。我国现代微生物药物产业已经具备了坚实的资源和技术基础，但与国际领先水平有一定的差距。本研究针对产业面临的机遇与挑战，从建立统筹创新的微生物医药大科学装置、加强微生物药物基础研究和技术自主研发、构建战略性人才引育系统、形成体系化产业激励政策等四个方面提出了发展建议。
王琦,董静,吴宏东,王东坡,姚实林,任小娟
《中国工程科学》 2008年 第10卷 第7期 页码 100-103
文章以探索痰湿质的分子机制为目的，在临床流行病学调查的基础上，分别选择6例典型痰湿质和6例典型平和质受试对象，采用 Affymetrix同时进一步对相关基因功能分析显示，痰湿体质相关基因主要基因功能为酶活性、固醇运载体 活性等功能，参与糖异生途径、脂肪酸生物合成途径、胆固醇代谢过程、脂肪酸氧化作用、棕色脂肪细胞分化、 细胞葡萄糖调节平衡作用、体温调节作用等生物学过程，痰湿质者在分子水平上具有代谢紊乱的总体特征， 对其分子生物学特征进行了初步探索。
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