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使用傅里叶变换红外成像进行高通量筛选 Article
Erdem Sasmaz, Kathleen Mingle, Jochen Lauterbach
《工程（英文）》 2015年 第1卷 第2期 页码 234-242 doi: 10.15302/J-ENG-2015040
组合库的有效平行筛选是高通量(HT) 多相催化工作流中最具挑战性的难题之一。目前，已有包括各种光学、质谱分析以及气相色谱技术在内的大量方法用于高通量催化剂研究。在这些技术中，快速扫描傅里叶变换红外(FTIR) 成像是最快、最通用的筛选技术。本文介绍了16 通道高通量反应器的新设计，并给出了其准确性和重复性试验结果。
中国地表水中优先控制新兴有机污染物的筛选 Article
仲蒙蒙, 王铁龙, 赵文星, 黄俊, 王斌, Lee Blaney, 卜庆伟, 余刚
《工程（英文）》 2022年 第11卷 第4期 页码 111-125 doi: 10.1016/j.eng.2020.12.023
一种基于Caco-2细胞单层膜的筛选抵抗特定代谢性疾病益生菌的模型 Article
刘阳, 彭江, 朱诗雅, 于雷雷, 田丰伟, 赵建新, 张灏, 陈卫, 翟齐啸
《工程（英文）》 2023年 第25卷 第6期 页码 222-233 doi: 10.1016/j.eng.2022.02.014
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化 Article
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
《工程（英文）》 2023年 第27卷 第8期 页码 234-241 doi: 10.1016/j.eng.2022.10.011
Antibiotic resistance, which is encoded by antibiotic-resistance genes (ARGs), has proliferated to become a growing threat to public health around the world. With technical advances, especially in the popularization of metagenomic sequencing, scientists have gained the ability to decipher the profiles of ARGs in diverse samples with high accuracy at an accelerated speed. To analyze thousands of ARGs in a highthroughput way, standardized and integrated pipelines are needed. The new version (v3.0) of the widely used ARGs online analysis pipeline (ARGs-OAP) has made significant improvements to both the reference database—the structured ARGs (SARG) database—and the integrated analysis pipeline. SARG has been enhanced with sequence curation to improve annotation reliability, incorporate emerging resistance genotypes, and determine rigorous mechanism classification. The database has been further organized and visualized online in the format of a tree-like structure with a dictionary. It has also been divided into sub-databases for different application scenarios. In addition, the ARGs-OAP has been improved with adjusted quantification methods, simplified tool implementation, and multiple functions with userdefined reference databases. Moreover, the online platform now provides a diverse biostatistical analysis workflow with visualization packages for the efficient interpretation of ARG profiles. The ARGs-OAP v3.0 with an improved database and analysis pipeline will benefit academia, governmental management, and consultation regarding risk assessment of the environmental prevalence of ARGs.
关键词： SARG database ARGs-OAP Antibiotic-resistance genes Environmental metagenome Quantification
基于整合临床和动物实验的小分子筛选平台揭示经典方剂茵陈蒿汤治疗黄疸证显效状态下的活性化合物及潜在作用靶点 Article
熊辉, 张爱华, 郭雅静, 周小航, 孙晖, 杨乐, 方衡, 闫广利, 王喜军
《工程（英文）》 2021年 第7卷 第9期 页码 1293-1305 doi: 10.1016/j.eng.2020.12.016
中药方剂化学组成高度复杂，其药理作用具有多成分、多靶点的特点，使得阐明其生物活性化合物极具挑战性。茵陈蒿汤被广泛用于治疗黄疸相关疾病。尽管近年来茵陈蒿汤的药效及活性成分被不断证实，但仍然缺乏对其效应成分、效应机制和功能靶点的深入系统分析，尤其是临床研究方面。本研究建立了一个整合临床和动物实验平台用于发现茵陈蒿汤的活性化合物和潜在靶点。首先采用基于超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱（UPLC-Q-ToF-MS）技术的代谢组学方法结合中药血清药物化学方法揭示茵陈蒿汤的血清代谢谱和化学成分谱。此外，通过网络药理学和智能途径分析平台构建化合物-靶标-通路关联网络。最终发现茵陈蒿汤中8 个活性小分子与5 个核心靶点极度相关，并通过酶联免疫吸附测定实验进行生物学验证。结果表明茵陈蒿汤通过靶向胆固醇7α-羟化酶（CYP7A1）、多药耐药相关蛋白2（ABCC2）、多药耐药相关蛋白3（ABCC3）、尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶1A1（UGT1A1）和法尼醇X受体（FXR）来调节包括初级胆汁酸生物合成、卟啉和叶绿素代谢以及胆汁分泌在内的代谢通路，从而发挥利胆退黄的作用。该整合策略可以成功地用于中药方剂活性小分子及其作用靶点的发现。
基于表位定向细胞库筛选高亲和力PD-1突变体诱骗分子 Article
刘昊, 乔春霞, 胡乃静, 王志宏, 王晶, 冯健男, 沈倍奋, 马远方, 罗龙龙
《工程（英文）》 2021年 第7卷 第11期 页码 1557-1565 doi: 10.1016/j.eng.2020.11.011
标题 作者 时间 类型 操作
ARGs-OAP v3.0——抗生素耐药基因数据库的筛选和分析流程优化
Xiaole Yin, Xiawan Zheng, Liguan Li, An-Ni Zhang, Xiao-Tao Jiang, Tong Zhang
期刊论文
京公网安备 11010502051620号
