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王玉兰, 王保红, 吴俊芳, 江向洋, 唐惠儒, Ole H. Nielsen
《工程（英文）》 2017年 第3卷 第1期 页码 83-89 doi: 10.1016/J.ENG.2017.01.013
鱼类肠道菌群研究进展及潜在应用 Review
栾银银, 黎明, 周伟, 药园园, 杨雅麟, 张震, Einar Ringø, Rolf Erik Olsen, Jihong Liu Clarke, 解绶启, 麦康森, 冉超, 周志刚
《工程（英文）》 2023年 第29卷 第10期 页码 137-146 doi: 10.1016/j.eng.2022.12.011
肠道菌群在宿主健康和疾病中起着重要作用。我们对鱼类菌群的理解远落后于人类和其他哺乳动物。尽管如此，现有研究也强调了微生物对鱼类的健康、生长性能和各种生理功能中的重要性。鱼类菌群的组成取决于宿主选择、饮食和环境等因素。肠道菌群可以影响鱼类宿主的营养代谢、免疫和抗病能力，而宿主则通过免疫和非免疫因素以鱼菌互作的方式调节肠道菌群的稳态。在本篇综述中，我们讨论了鱼类微生物研究的最新进展，描述了包括鱼类微生物多样性，以及宿主-菌群交互作用的研究结果。同时，还讨论了鱼类菌群对鱼类健康及行业可持续发展的潜在作用。
吕桂帅, 程宁涛, 王红阳
《工程（英文）》 2017年 第3卷 第1期 页码 110-114 doi: 10.1016/J.ENG.2017.01.017
肠道菌群调节在肝细胞癌和肝移植中的应用 Review
向泽, 吴健, 李佳芮, 郑树森, 魏绪勇, 徐骁
《工程（英文）》 2023年 第29卷 第10期 页码 59-72 doi: 10.1016/j.eng.2022.12.012
赵浏阳, 张翔, 左涛, 于君
《工程（英文）》 2017年 第3卷 第1期 页码 90-97 doi: 10.1016/J.ENG.2017.01.012
肠道菌群与冠状动脉疾病的发生风险 Article
胡嘉禄, 姚志峰, 唐敏娜, 唐春, 赵晓璠, 苏曦, 卢淡泊, 李秋荣, 王张生, 颜彦, 王则能
《工程（英文）》 2021年 第7卷 第12期 页码 1715-1724 doi: 10.1016/j.eng.2020.05.025
在过去的几年中，小规模队列研究发现肠道菌群随冠状动脉疾病出现而改变。既往研究中所发现的冠状动脉疾病患者肠道中富集或减少的微生物群，在其他冠状动脉疾病队列中是否具有可重复性，有待进一步研究和验证。结果显示，δ-变形杆菌纲、梭杆菌属、嗜胆菌属、放线菌属和梭菌XIX属在Ctrl 组中富集；普雷沃氏菌科、副拟杆菌属和芽孢杆菌属在LT50 组中富集；罗氏菌属和丁酸单胞菌属在GT50 组中富集然而，除拟杆菌属外，既往研究所报道的在冠状动脉疾病或健康对照组受试者中富集的肠道菌群在本队列并未观察到。总之，冠状动脉疾病与健康对照组受试者具有不同的菌群特征。不同队列研究所发现的冠状动脉疾病富集的肠道菌群特征不具有重复性，提示肠道菌群较难应用于冠状动脉疾病的早期诊断和预防。综合本研究与既往研究结果，只有拟杆菌属丰度减少是冠状动脉疾病进展的可靠标志物。
肠道菌群是调节神经系统功能紊乱的潜在靶点 Review
武万强, 孔庆敏, 田培郡, 翟齐啸, 王刚, 刘小鸣, 赵建新, 张灏, Yuan Kun Lee, 陈卫
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第4期 页码 415-423 doi: 10.1016/j.eng.2019.07.026
众所周知，肠道菌群在调节宿主生理功能方面具有重要作用，如调节免疫和代谢平衡。近年来，越来越多证据表明肠道菌群能够通过肠-脑轴调节中枢神经系统功能，这为研究肠道和大脑间的相互作用关系开辟了一条新路径。本文首先介绍了肠道菌群与大脑相互作用的肠–脑轴分子机制，以及肠道菌群失调引发的神经系统功能紊乱；然后介绍了调节肠道菌群失衡是干预神经系统功能紊乱的潜在策略，如益生菌、益生元、合生元以及饮食等干预措施目前关于肠道菌群–肠–脑轴方面的研究尚处在起步阶段，但继续深入阐明肠道菌群调节神经系统功能的分子机制不仅能揭示神经系统功能紊乱的新型病理机制，而且能够为神经系统功能紊乱提供潜在的诊断标志物和干预策略
肠道菌群调控的色氨酸代谢改善了D-Gal/LPS诱导的C57BL/6小鼠急性肝衰竭 Article
郑志鹏, 伍莉, 韩玉秋, 陈俊, 朱帅, 姚圆圆, 王保红, 李兰娟
《工程（英文）》 2022年 第14卷 第7期 页码 134-146 doi: 10.1016/j.eng.2020.12.013
肠道优势菌群丰度变化与COVID-19严重程度相关性的临床意义 Article
汤灵玲,顾思岚,龚忆雯,李博,鲁海峰,李强,张如洪,高翔,吴正洁,张佳颖,张园园,李兰娟
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第10期 页码 1178-1184 doi: 10.1016/j.eng.2020.05.013
宿主微生物组内的基因组突变——适应性进化或净化选择 Review
张家超, Rob Knight
《工程（英文）》 2023年 第20卷 第1期 页码 96-102 doi: 10.1016/j.eng.2021.11.018
二代测序技术转变了人们评估宿主相关微生物区系和微生物组的分类组成功能的能力。未来10 年将会开展更多的人类微生物组研究，特别是那些探索微生物组内基因组突变的研究。本文聚焦于微生物组内菌株之间的共同进化，塑造了宿主肠道微生物种内和种间的菌株水平多样性。还探讨了微生物基因组突变与常见代谢疾病之间的关联，以及病原体和益生菌在入侵和定植过程中的适应性进化。最后，讨论了注释和分析微生物基因组突变方法和算法的研究进展。
肝硬化患者胃黏膜微生物菌群特征及其与胃肠道症状的相关性分析 Article
陈燕飞, 郭静, 陈春雷, 石鼎, 方戴琼, 季峰, 李兰娟
《工程（英文）》 2021年 第7卷 第4期 页码 507-514 doi: 10.1016/j.eng.2020.04.014
研究表明，肝硬化患者的口腔和肠道微生物群与健康人群存在差异。胃位于口腔和肠道之间，关于其黏膜微生物群结构所知甚少。在属的水平上，聚类1和2分别富集奈瑟菌和链球菌。在功能基因分类上，相对而言，聚类2缺乏涉及遗传信息处理以及与聚糖生物合成和代谢相关的功能基因。胃黏膜菌群结构表现为聚类2的患者胃肠道症状更严重，既往内镜下曲张静脉的治疗率显著高于其他组。我们的研究结果表明，在肝硬化中，幽门螺杆菌和非幽门螺杆菌的定植都受到影响。虽然幽门螺杆菌阴性的胃黏膜微生物结构表现出相当大的异质性，但特定的胃微生物群与临床特征之间仍然存在相关性。既往内镜下静脉曲张治疗会引起胃黏膜菌群结构明显改变，从而加重幽门螺杆菌阴性肝硬化患者的胃肠道症状。
Marc Mac Giolla Eain, Joanna Baginska, Kacy Greenhalgh, Joëlle V. Fritz, Frederic Zenhausern, Paul Wilmes
《工程（英文）》 2017年 第3卷 第1期 页码 60-65 doi: 10.1016/J.ENG.2017.01.011
研究宿主–胃肠道微生物的相互作用已经成为管理人类健康和疾病的关键组成部分。微生理系统的发展正在为研究人员提供前所未有的对于这种复杂关系的获取和理解。这些系统结合了微型工程、微流体和细胞培养的优点，来创建人类肠道中普遍存在的环境条件。在这里我们提出的HuMiX(人类微生物交联对话) 平台，是一个利用这种多学科方法提供具有代表性的人体胃肠道的体外模型系统，用于研究宿主–微生物分子的相互作用。我们总结了使用该平台获得的概念验证结果，强调其对于大大增强我们对宿主–微生物相互作用了解的潜力，且其可能对药物、食品和营养以及医疗保健行业产生的巨大影响。同时讨论了这些技术面临的一些关键问题和挑战。
多组学联用揭示花粉过敏基于肠道菌的新机制 Article
韩珮, 李丽莎, 王子熹, 锡琳, 于航, 丛林, 张正威, 符洁, 彭冉, 潘利斌, 马殊荣, 王学艳, 王洪田, 王向东, 王琰, 孙劲旅, 蒋建东
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 115-125 doi: 10.1016/j.eng.2021.03.013
植物化学物质的生物功能及其在家畜中的应用研究——以Nrf2/Keap1系统为目标
覃思, 侯德兴
《工程（英文）》 2017年 第3卷 第5期 页码 738-752 doi: 10.1016/J.ENG.2017.03.011
标题 作者 时间 类型 操作
鱼类肠道菌群研究进展及潜在应用
栾银银, 黎明, 周伟, 药园园, 杨雅麟, 张震, Einar Ringø, Rolf Erik Olsen, Jihong Liu Clarke, 解绶启, 麦康森, 冉超, 周志刚
期刊论文
人体胃肠道–菌群相互作用的工程学研究模型
Marc Mac Giolla Eain, Joanna Baginska, Kacy Greenhalgh, Joëlle V. Fritz, Frederic Zenhausern, Paul Wilmes
期刊论文
多组学联用揭示花粉过敏基于肠道菌的新机制
韩珮, 李丽莎, 王子熹, 锡琳, 于航, 丛林, 张正威, 符洁, 彭冉, 潘利斌, 马殊荣, 王学艳, 王洪田, 王向东, 王琰, 孙劲旅, 蒋建东
期刊论文
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