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论智能起源中的简约与自洽原则 Position Paper
马毅1,曹颖2,沈向洋3
《信息与电子工程前沿（英文）》 2022年 第23卷 第9期 页码 1298-1323 doi: 10.1631/FITEE.2200297
大鼠脊髓发育过程中时序转录组的发育时间模式和分子网络特征 Article
杨建, 赵莉莉, 易晟, 丁斐, 杨宇民, 刘炎, 王勇军, 刘梅, 薛成斌, 许莲, 龚蕾蕾, 王星辉, 张愉, 于彬, 明国丽, 顾晓松
《工程（英文）》 2021年 第7卷 第11期 页码 1592-1602 doi: 10.1016/j.eng.2021.10.001
陈松林,徐文腾,陈张帆
《中国工程科学》 2019年 第21卷 第6期 页码 39-47 doi: 10.15302/J-SSCAE-2019.06.007
本文主要从基因组和转录组层面分析了极地动物基因资源的研究现状，梳理了本领域研究中存在的问题，并提出了未来发展战略。极地动物基因组测序起步较晚，迄今只完成了 13种极地动物的全基因组测序。在转录组研究方面，人们对极地的 31个物种进行了转录组测序，并在以下四个方向重点开展了研究：环境适应性研究；污染物应激反应的分子机制研究；不同发育阶段或不同组织中的转录组分析；功能基因挖掘。
关键词： 极地动物 基因组，转录组，基因资源
球碟转子式微陀螺自适应快速启动技术 Article
Xiao-wei LIU, Rui WENG, Hai LI, Hai-feng ZHANG
《信息与电子工程前沿（英文）》 2017年 第18卷 第9期 页码 1430-1436 doi: 10.1631/FITEE.1600035
信息科学应引领未来的生物医学研究 Perspective
Kenta Nakai
《工程（英文）》 2019年 第5卷 第6期 页码 1155-1158 doi: 10.1016/j.eng.2019.07.023
笔者从长期回顾的角度阐述了对人工智能（AI）/数据科学与生物医学之间关系的看法。随着新技术的不断出现，现代生物医学的发展持续加速。由于所有生命系统基本上都受其自身DNA中信息的支配，因此信息科学对生物医学的研究具有特别重要的意义。与物理学不同，在生物学中没有发现（或很少有）主导定律。因此，在生物学中，“数据到知识”方法很重要。人工智能在历史上一直应用于生物医学，最近的新闻表明，基于人工智能的方法在国际蛋白质结构预测竞争中获得了最佳性能，这可能被视为该领域的另一个里程碑。类似的方法可能有助于解决基因组序列解释中的问题，如确定患者基因组中的癌症驱动突变。最近，新一代测序（NGS）的爆炸性发展已产生大量数据，并且这种趋势将加速。NGS不仅用于“读取”DNA序列，而且还用于在单细胞水平上获得各种类型的信息。这些数据可以视为气候模拟中的网格数据点。数据科学和人工智能对于这些数据的综合解释/模拟都将变得至关重要，并将在未来的精密医学中起主导作用。
基于转录组学及多尺度生物测定多模态鉴定宣肺败毒方抑制巨噬细胞免疫反应的活性成分 Article
赵璐, 刘豪, 王迎超, 王书芳, 荀得金, 王毅, 程翼宇, 张伯礼
《工程（英文）》 2023年 第20卷 第1期 页码 63-76 doi: 10.1016/j.eng.2021.09.007
通过原位观察揭示人体肠道微生物组的重建和动态变化 Article
刘小林, 戴敏, Yue Ma, 赵娜, Ziyu Wang, Ying Yu, Yakun Xu, Huijie Zhang, Liyuan Xiang, He Tian, 税光厚, 张发明, 王军
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 89-101 doi: 10.1016/j.eng.2021.03.015
流动电极微生物电合成提高产物生成速率及降低能量消耗 Article
褚娜, 王东麟, 王厚锋, 梁勤军, 常佳丽, 高瑜, 蒋永, 曾建雄
《工程（英文）》 2023年 第25卷 第6期 页码 157-167 doi: 10.1016/j.eng.2021.09.015
微生物电合成（microbial electrosynthesis, MES）利用可再生电力驱动微生物固定CO2合成化学品，在推进碳循环经济中具有一定潜力，受到广泛关注。但是，很少有研究通过高效反应器设计来促进产乙酸并降低能耗。本研究中，新型流动电极MES反应器的总产乙酸速率[(16 ± 1) g·m−2·d−1]比无粉末活性炭（powder activated carbon, PAC）对照[(8 ± 3) g·m−2·d−1]高两倍。流动电极MES反应器的库伦效率为43.5% ± 3.1%，能量消耗为(0.020 ± 0.005) kWh·g−1，产乙酸的能量效率为18.7% ± 1.3%。基于PAC的流动电极能够降低水跨膜通量、传质阻力，但是对装置电压、流变行为、乙酸吸附的影响较小。流动电极MES反应器中，能量代谢相关基因高表达，Acetobacterium的丰度增加。MES反应器中同时存在用于碳固定的还原性乙酰辅酶A途径（Wood–Ljungdahl pathway, WLP）与还原性三羧酸循环途径（reductive citric acid cycle, rTCA）。堆叠型流动电极MES中的乙酸浓度达7.0 g·L−1。本研究提供一种构建可扩展MES反应器的新方法，促进CO2利用以及产物生成。
智能手机成像的晶片上基于逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)技术的全血中HIV-1检测 Article
Gregory L. Damhorst,Carlos Duarte-Guevara,Weili Chen,Tanmay Ghonge,Brian T. Cunningham,Rashid Bashir
《工程（英文）》 2015年 第1卷 第3期 页码 324-335 doi: 10.15302/J-ENG-2015072
关键词： 人类免疫缺陷病毒(HIV) 病毒载量 环介导等温扩增 智能手机 即时检测
时间序列多组学整合分析揭示原代肝细胞体外培养去分化过程伴随非降解性泛素化修饰的增加 Article
姜正一, 孙泽宇, 欧阳晓希, 赵亚磊, 周梦豪, 王保红, 李启睿, 范林骁, 张赛男, 李兰娟
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第11期 页码 1302-1314 doi: 10.1016/j.eng.2020.02.011
转录因子HNF1A、HNF4A和FOXA2调节肝细胞蛋白质N-糖基化 Article
Vedrana Vičić Bočkor,Nika Foglar,Goran Josipović,Marija Klasić,Ana Vujić,Branimir Plavša,Toma Keser,Samira Smajlović,Aleksandar Vojta,Vlatka Zoldoš
《工程（英文）》 2024年 第32卷 第1期 页码 58-69 doi: 10.1016/j.eng.2023.09.019
Hepatocyte nuclear factor 1 alpha (HNF1A), hepatocyte nuclear factor 4 alpha (HNF4A), and forkhead box protein A2 (FOXA2) are key transcription factors that regulate a complex gene network in the liver, creating a regulatory transcriptional loop. The Encode and ChIP-Atlas databases identify the recognition sites of these transcription factors in many glycosyltransferase genes. Our in silico analysis of HNF1A, HNF4A, and FOXA2 binding to the 10 candidate glyco-genes studied in this work confirms a significant enrichment of these transcription factors specifically in the liver. Our previous studies identified HNF1A as a master regulator of fucosylation, glycan branching, and galactosylation of plasma glycoproteins. Here, we aimed to functionally validate the role of the three transcription factors on downstream glyco-gene transcriptional expression and the possible effect on glycan phenotype. We used the state-of-the-art clustered regularly interspaced short palindromic repeats/dead Cas9 (CRISPR/dCas9) molecular tool for the downregulation of the HNF1A, HNF4A, and FOXA2 genes in HepG2 cells—a human liver cancer cell line. The results show that the downregulation of all three genes individually and in pairs affects the transcriptional activity of many glyco-genes, although downregulation of glyco-genes was not always followed by an unambiguous change in the corresponding glycan structures. The effect is better seen as an overall change in the total HepG2 N-glycome, primarily due to the extension of biantennary glycans. We propose an alternative way to evaluate the N-glycome composition via estimating the overall complexity of the glycome by quantifying the number of monomers in each glycan structure. We also propose a model showing feedback loops with the mutual activation of HNF1A–FOXA2 and HNF4A–FOXA2 affecting glyco-genes and protein glycosylation in HepG2 cells.
关键词： Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/dead Cas9 (CRISPR/dCas9) Epigenetics Hepatocyte nuclear factor 1 alpha (HNF1A) Hepatocyte nuclear factor 4 alpha (HNF4A) Forkhead box protein A2 (FOXA2) N-glycosylation HepG2 cells
甲状腺乳头状癌菌群失调及与肿瘤信号通路异常的相关性研究 Article
喻爽, 丁彦强, 王雪洁, Siu Kin Ng, 曹思婷, 刘伟鑫, 郭朱明, 谢宇彬, 洪澍彬, 许丽霞, 李晓星, 李杰, 吕伟明, 彭穗, 李延兵, 沈祖尧, 于君, 肖海鹏
《工程（英文）》 2023年 第28卷 第9期 页码 179-192 doi: 10.1016/j.eng.2023.01.007
标题 作者 时间 类型 操作
大鼠脊髓发育过程中时序转录组的发育时间模式和分子网络特征
杨建, 赵莉莉, 易晟, 丁斐, 杨宇民, 刘炎, 王勇军, 刘梅, 薛成斌, 许莲, 龚蕾蕾, 王星辉, 张愉, 于彬, 明国丽, 顾晓松
期刊论文
通过原位观察揭示人体肠道微生物组的重建和动态变化
刘小林, 戴敏, Yue Ma, 赵娜, Ziyu Wang, Ying Yu, Yakun Xu, Huijie Zhang, Liyuan Xiang, He Tian, 税光厚, 张发明, 王军
期刊论文
智能手机成像的晶片上基于逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)技术的全血中HIV-1检测
Gregory L. Damhorst,Carlos Duarte-Guevara,Weili Chen,Tanmay Ghonge,Brian T. Cunningham,Rashid Bashir
期刊论文
转录因子HNF1A、HNF4A和FOXA2调节肝细胞蛋白质N-糖基化
Vedrana Vičić Bočkor,Nika Foglar,Goran Josipović,Marija Klasić,Ana Vujić,Branimir Plavša,Toma Keser,Samira Smajlović,Aleksandar Vojta,Vlatka Zoldoš
期刊论文
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